Demande d'installation de SequelTools

Bonjour @team.software ,

seriez vous ok d'installer sequeltools sur le core cluster ? c'est un outil qui permet d'évaluer la qualité des raw data PacBio.

Merci beaucoup par avance

Chloé

Bonjour Chloé,

A première vu, SequelTools est une collection de scripts qui nécessite Python, R et samtools pour fonctionner.

Le plus simple serait que vous chargiez python, R et samtools dans votre environnement à l'aide de module load :

module load python/3.7 r/4.0.2 samtools/1.9

puis que vous récupériez les scripts dans votre espace de travail sur le cluster à l'aide de git :

git clone https://github.com/ISUgenomics/SequelTools.git
cd SequelTools/Scripts
chmod +x *.sh *.py *.R
export PATH=$PATH:"$(pwd)"

Est-ce que cette solution pourrait convenir ?

Julien

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bonjour @julien ,

merci pour cette réponse, je vais essayer !!! première fois pour moi de faire cette manip mais je devrais y arriver :thinking: :smiley:

Merci pour le retour, si soucis plus tard, je poserai la question ... :crazy_face:

Chloé