Demande d'installation d'outil : Marky-Coco

IFB Core Cluster Tool or data bank request
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Bonjour,

Serait-il possible s'il vous plait d’installer l'outil Marky-Coco ?

Merci beucoup.
Bien cordialement,
Ester López

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Bonjour,

A priori, c'est fait (Installer coco environnement) ?

Bonne journée

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Bonjour,

Merci pour votre réponse rapide. J'ai réussi à démarrer l'installation mais elle me pose des problèmes:

(base) elopez@clust-slurm-client:/shared/projects/prony_23/marky-coco$ mamba env create -f environment.yml
pkgs/main/noarch                                   906.4kB @   2.5MB/s  0.4s
pkgs/r/linux-64                                      1.9MB @   3.4MB/s  0.6s
pkgs/r/noarch                                        2.3MB @   3.6MB/s  0.7s
bioconda/linux-64                                    6.1MB @   3.7MB/s  1.1s
pkgs/main/linux-64                                   8.4MB @   4.7MB/s  2.0s
bioconda/noarch                                      5.8MB @   2.7MB/s  1.7s
conda-forge/noarch                                  23.1MB @   5.9MB/s  4.0s
conda-forge/linux-64                                50.8MB @   5.8MB/s 10.0s


Looking for: ['snakemake', 'fastp==0.20.0', 'megahit==1.1.2', 'bowtie2==2.4.5', 'prodigal==2.6.3', 'samtools==1.9', 'subread==1.5.2', 'seqtk', 'biopython', 'hmmer==3.2.1', 'pplacer==1.1.alpha19']


Encountered problems while solving:
  - package samtools-1.9-h10a08f8_12 requires htslib >=1.9,<1.10.0a0, but none of the providers can be installed
  - package bowtie2-2.4.5-py39ha4319a6_1 requires python_abi 3.9.* *_cp39, but none of the providers can be installed

C'est aussi un programme que je vais utiliser dans plusieurs projets, donc il faudrait que je l'installe à chaque fois dans le dossier du projet pour pouvoir l'utiliser. Donc, à mon avis, il vaut mieux l'installer dans le cluster.

Merci beaucoup et bonne journée,
Ester López

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OK. Merci pour la précision.

C'est bien noté de l'installer (malheureusement ça risque de prendre un peu de temps).

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