Bonjour @team.software,
Serait-il possible s'il vous plait d’installer l'outil Marky-Coco ? J'ai réussi à démarrer l'installation mais elle me pose des problèmes:
(base) elopez@clust-slurm-client:/shared/projects/prony_23/marky-coco$ mamba env create -f environment.yml
pkgs/main/noarch 906.4kB @ 2.5MB/s 0.4s
pkgs/r/linux-64 1.9MB @ 3.4MB/s 0.6s
pkgs/r/noarch 2.3MB @ 3.6MB/s 0.7s
bioconda/linux-64 6.1MB @ 3.7MB/s 1.1s
pkgs/main/linux-64 8.4MB @ 4.7MB/s 2.0s
bioconda/noarch 5.8MB @ 2.7MB/s 1.7s
conda-forge/noarch 23.1MB @ 5.9MB/s 4.0s
conda-forge/linux-64 50.8MB @ 5.8MB/s 10.0s
Looking for: ['snakemake', 'fastp==0.20.0', 'megahit==1.1.2', 'bowtie2==2.4.5', 'prodigal==2.6.3', 'samtools==1.9', 'subread==1.5.2', 'seqtk', 'biopython', 'hmmer==3.2.1', 'pplacer==1.1.alpha19']
Encountered problems while solving:
- package samtools-1.9-h10a08f8_12 requires htslib >=1.9,<1.10.0a0, but none of the providers can be installed
- package bowtie2-2.4.5-py39ha4319a6_1 requires python_abi 3.9.* *_cp39, but none of the providers can be installed
C'est aussi un programme que je vais utiliser dans plusieurs projets, donc il faudrait que je l'installe à chaque fois dans le dossier du projet pour pouvoir l'utiliser. Donc, à mon avis, il vaut mieux l'installer dans le cluster.
Merci beaucoup et bonne journée,
Ester López