Bonjour,
Est-il possible d'installer l'outil Cell Bender pour filtrer des matrices de comptage comme celles de Cell Ranger ?
Installation : Installation — CellBender documentation
Merci beaucoup,
Cordialement.
Cassandre Héritier--Tellier
Bonjour Cassandre,
Cell Bender n'est pas packagé et cela nous demande du temps que nous n'avons pas pour l'instant.
Par contre, il vous est tout a fait possible de charger conda:
module load conda
Et de suivre les instructions pour l'installer: Installation — CellBender documentation
Cela permets d'installer CellBender dans votre home et de l'utiliser assez simplement.
Est-ce que cela vous convient ?
Bonjour,
Merci pour votre réponse, oui cela me convient je suis navrée de ne pas avoir essayé je ne pensais pas que ce serait possible.
Merci de votre aide !
Cassandre Héritier--Tellier
Je vois que la version de conda installée est la 4.10.1, est-il possible de faire une update de la dernière version qui est la 23.3.1 ? Car j'ai des conflits de packages.
conda update -n base conda
Merci !
Bonjour,
La mise à jour de conda sur l'infra est dans les tuyaux: Installation versions récentes de conda/mamba - #2 par julien
En attendant, le plus simple est peut-être d'installer votre propre version de conda en suivant la documentation:
https://conda.io/projects/conda/en/stable/user-guide/install/linux.html
Ce qui donnerait quelque chose comme:
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_23.1.0-1-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
Impeccable merci !!