Bonjour,
Serait-il possible d'installer le logiciel Juicer qui permet de mapper et d'analyser des données de Hi-C et de générer des matrices d'interactions d'ADN.
Le logiciel se trouve sur: https://github.com/aidenlab/juicer
Je vous remercie d'avance,
Charbel Souaid,
Postdoc
TAGC
Luminy, Marseille
Bonjour @csouaid,
Nous privilégions pour des raisons de maintenance et de reproductibilité, les packages Conda pour nos installations. Et Juicer ne semble pas y être disponible.
Notre autre solution est l'utilisation d'image Singularity. Singularity est un système de container comme Docker mais compatible à un usage sur un cluster. Singularity peut "manger" du Docker. Et cela tombe bien, Juicer semble disposer d'une image Docker.
@julien et moi allons travailler dans ce sens.
Nous vous tenons au courant.
Bonjour,
Ok c'est super!
merci
A plus
Charbel
Bonjour,
Je voudrais savoir si vous avez des nouvelles sur l'installation du Juicer via Singularity ?
Merci d'avance,
Charbel
Bonjour,
Désolé pour ce silence. Juicer n'a en effet pas de package Conda.
Après réflexion, entre nous, nous vous proposons de vous installer les dépendances de Juicer via Conda.
De votre côté, nous vous recommandons de télécharger via git clone les scripts SLURM depuis leur repository. Et de charger les différentes dépendances avant l'utilisation des scripts.
Sachez que pour le moment, nous n'avons pas de serveur GPU/CUDA, et je n'arrive pas à savoir si c'est obligatoire ou non.
Si ça ne fonctionne pas, nous trouverons une solution.
Donc, notre proposition serait :
Juicer lui-même
git clone https://github.com/theaidenlab/juicer.git
...
Avant utilisation des scripts :
module load java-jdk/8.0.112
module load coreutils/8.25
module load bwa/0.7.17
Nous ne connaissons pas Juicer donc n'hésitez pas à revenir vers nous en cas de problème et succès.
Suivant vos retours, nous pourrons envisager de le packager sur Conda !?
Cordialement
Bonjour,
Je vous remercie pour votre proposition de solution.
Je ferai le test prochainement et je reviendrai vers vous.
Cdlt
Charbel
Bonjour Charbel,
Je voudrais savoir si vous avez réussi à faire marcher Juicer sur le cluster.
Merci beaucoup d'avance,
Cordialement
Guadalupe