Bonjour, serait-il possible d'installer fgbio, petite suite d'utilitaires de gestion/modification de données NGS SVP? Je l'utilise notamment pour gérer les UMI et les incorporer aux headers de mes bams.
MErci d'avance
Bonjour,
C'est en cours d'installation :Add fgbio-minimal/2.2.1 (!1385) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / Cluster / tools · GitLab
Loraine
C'est installé : module load fgbio-minimal
Super, merci et bonne semaine !
Bonjour, désolé pour le dérangement, fgbio requiert graalvm pour tourner. Fgbio tourne sans erreur sans mais j'obtiens des résultats qui me semblent aberrants: bams plus petits qu'attendu (j'ai reprocessé des fastq déjà alignés sur un autre cluster avec graalvm) et de nombreux reads manquent à l'appel. En inspectant les bams post-ajout UMI dans le tag RX par fgbio, certains reads ont des coordonnées manquantes et je pense sont exclus dans le postprocessing. Pensez-vous que l'absence de graalvm pourrait causer ce problème SVP? Merci d'avance
Bonjour, désolée, je n'avais pas vu votre message. Je ne peux malheureusement pas vous être d'une grande aide sur cet outil que je ne connais pas 
Il est préférable de poser votre question sur Scientific support - IFB Community Support ou bien de contacter directement les développeurs de l'outil en ouvrant une issue sur Issues · fulcrumgenomics/fgbio · GitHub
Bonne journée
Loraine
Pas de souci, serait-il possible d'installer graalvm SVP? Merci d'avance
Avez-vous un lien vers une page web pour cet outil ? Je ne le vois pas mentionné sur GitHub - fulcrumgenomics/fgbio: Tools for working with genomic and high throughput sequencing data. ou fgbio | Tools for working with genomic and high throughput sequencing data.
Ah oui vous avez raison je n'en vois aucune mention sur le github de fulcrumgenomics. J'ai gardé un module load graalvm dans mes scripts et ai donc eu une erreur non critique en les faisant tourner mais c'était peut-être pour une autre étape de l'analyse. Honnêtement j'ai un peu laissé ça de côté, je vais m'y remettre et essayer sans, je vous recontacterai au besoin. Merci et bonne journée