Demande d'installation package R genbankr

IFB Core Cluster
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Bonjour, serait il possible d'installer le package genbankr ?
je viens de lancer un script avec r/4.1.1 et il me dit qu'il n'y a pas de package a ce nom :slight_smile:
Merci beaucoup par avance

Chloé

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Bonjour Chloé,

Le plus simple est rapide est sûrement d'installer vous même ce paquet (ou tout autre paquet utile).

Il suffit de suivre la procédure indiquée (GitHub - gmbecker/genbankr).

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("genbankr")

Le paquet sera installé dans votre home.
Est-ce que cela vous convient ?

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pardon de poser ces questions mais je suis nulle en R et qui plus est quand on est dans un environnement linux ...
du coup, j'avais bien essayé ces lignes mais j'ai des retours d'erreurs du type
!require: event not found
BiocManager::install: No such file or directory
comment je peux faire pour contourner ça ?

De plus, si ce package est dans mon home, comment faire comprendre à mon script d'aller le chercher à cet endroit ?
il commence par ça :
module load r/4.1.1
R --slave --vanilla --quiet --no-save <<EEE

library(Rsamtools)
library(dplyr)
library(genbankr)

vraiment désolée, j'applique des scripts mais c'est pas simple pour moi ..
merci par avance

Chloé

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Essayer ça:

# On install le gestionnaire de paquet BiocManager
install.packages("BiocManager")
# On install le paquet genbakr avec BiocManager
BiocManager::install("genbankr")

Par défaut R va chercher dans votre /home s'il ne trouve pas le paquet.
Une fois installé, il n'y a donc rien à faire/changer.

Dites-nous si ça bloque encore

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oui ... il semble y avoir une erreur de synthaxe quand je tape install.packages("BiocManager")
syntax error near unexpected token `('
j'ai essayé avec install.packages(BiocManager)
avec install.packages BiocManager
bref ...
mais c'est du r ça ... or je suis en ligne de command sous linux ? est ce qu'il me comprend juste en écrivant tel quel ?

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Ah pardon, oui il faut d'abord se loguer sous R.
Ce qui donne:

module load r/4.1.1
R

Une fois dans l'invité de commande R (">"), vous pouvez demander l'installation de paquet:

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("genbankr")

En cas d'erreur "Installation paths not writeable, unable to update packages", il est possible de préciser le chemin (indiqué par .libPaths()):

> .libPaths()
[1] "/shared/ifbstor1/home/<user>/R/x86_64-conda-linux-gnu-library/4.1"
[2] "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/r-4.1.1/lib/R/library"     

> BiocManager::install("genbankr",  lib = "/shared/ifbstor1/home/<user>/R/x86_64-conda-linux-gnu-library/4.1")
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ne vous excusez pas
merci, au contraire !
ça fonctionne très bien maintenant ...
une fois qu'on sait comment ouvrir R sous linux ... (pardon mais Rstudio est plus mon ami)

Chloé

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Parfait. Bonne journée