Demande d'installation perl XML::Simple module

IFB Core Cluster Demande de logiciel ou de banque de données
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Bonjour la team,

Est-ce qu'il est possible d'installer le XML::Simple module de perl s'il vous plait?

Command error:
  Can't locate XML/Simple.pm in @INC (you may need to install the XML::Simple module) (@INC contains: /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/krona-2.8.1/lib/perl5/5.32/site_perl /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/krona-2.8.1/lib/perl5/site_perl /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/krona-2.8.1/lib/perl5/5.32/vendor_perl /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/krona-2.8.1/lib/perl5/vendor_perl /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/krona-2.8.1/lib/perl5/5.32/core_perl /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/krona-2.8.1/lib/perl5/core_perl .) at /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/prokka-1.14.6/bin/prokka line 29.
  BEGIN failed--compilation aborted at /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/prokka-1.14.6/bin/prokka line 29.

Je suis en train de tester un pipeline de nextflow et il bug que sur serveur, je suppose que l'erreur est due à la manque de module de perl...

Merci beaucoup et bonne journée,
Juejun

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Bonjour Juejun,

Je vois que vous rencontrez cette erreur dans le cadre de l'utilisation de prokka. Est-ce que vous avez besoin de ce module Perl spécifiquement pour utiliser Prokka ?

Bien à vous,

Julien

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Bonjour julien,

Oui, je l'ai besoin pour prokka.
Quand je teste mon pipeline sur local il n'y a pas de problème, mais il s'arrête seulement quand je le teste sur IFB en sortant ce message...
Et j'ai testé aussi seulment prokka sur IFB avec les même ligne de command que pipeline, il n'y a aucun soucis.
à part de module perl je ne vois pas vraiment où vient de bug...

seqtk rename gitlab/output_sc/Assembly/SPAdes/sample_R/SPAdes-sample_R_scaffolds.fasta.gz  > SPAdes-sample_R_scaffolds.fasta

prokka SPAdes-sample_R_scaffolds.fasta  --force --addgenes --addmrna	   --metagenome       --evalue 1e-05  --cpus 8  --prefix sample --outdir result/sample/

sur le pipeline de nextflow j'ai le meme code

    script:
    def args = task.ext.args   ?: ''
    prefix   = task.ext.prefix ?: "${meta.id}"

    """
    seqtk rename $assembly >  ${meta.id}_rename.fasta
    prokka ${meta.id}_rename.fasta \\
        --force --addgenes --addmrna \\
        --metagenome \\
        --evalue 1e-05 \\
        --cpus ${params.threads} \\
        --prefix $prefix \\
        --outdir $prefix/
    """

bonne journée,

juejun

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Merci pour ces précisions.

Pourriez-vous nous donner une ligne de commande (ou un ensemble de lignes) nous permettant de reproduire l'erreur facilement ?

Julien

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Oui, bien sur.

Pour le reproduire vous pouvez lancer le script dans le project:

sbatch /shared/projects/viropip/script/pipeline.sh

L'ensemble de code du pipeline est dans le repertoire /shared/projects/viropip/gitlab/m2_stage_note/nextflow_test
plus précisement le code de prokka est dans
/shared/projects/viropip/gitlab/m2_stage_note/nextflow_test/modules

Pour tester prokka séparement, j'ai créé un autre script,

sbatch /shared/projects/viropip/script/prokka_contigs.sh

Cela a bien marché sans produire aucun erreur.

merci,

juejun

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Bonjour Juejun,

Si prokkaseul fonctionne bien, est-ce que le problème ne serait pas lié au fonctionnement du workflow nextflow ? Est-ce que nextflow utilse module pour accéder aux outils (désolé je ne suis pas du tout un expert nextflow) ?

Julien

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Bonjour Julien,

Je viens de tester si j'ai ajouté module load perl dans mon script avant lancer nextflow, il peut marcher sans problème.

Je vous remercie et bonne journée,
juejun

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D'accord, merci pour votre retour.

Julien