Bonjour,
Serait-il possible d'installer les logiciels tsinfer (Welcome to tsinfer’s documentation! — tsinfer 0.2.2.dev18+ge4a25ca.d20210621 documentation) et tsdate (Welcome to tsdate’s documentation — tsdate 0.1.3.dev76+g9d5d5a4.d20201201 documentation) sur le cluster pour pouvoir estimer des généalogies à partir des données de polymorphisme génétique ? Ils ne semblent pas être disponibles sur le cluster d'après ce que j'ai vu.
Merci d'avance,
Pierre Barry
Bonjour Pierre,
Désolé pour ce retour tardif.
tsinfer est en cours d'installation: add tsinfer/0.2.1 (conda) (!569) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / Cluster / tools · GitLab
tsdate n'est pas disponible en package conda. Vous pouvez peut-être demander à créer un paquet pour conda au développeur (Issues · tskit-dev/tsdate · GitHub).
Ou plus simplement vous pouvez l'installer dans votre home:
# Charger la version de python que vous souhaitez utiliser (>3.5)
module load python/3.9
# Installer tsdate
pip install tsdate --user
# Enjoy
tsdate -h
Dites-nous si c'est ok pour vous.