Bonjour,
Je souhaiterai tester l'outil github Amplicon_sorter.
Serait-il possible de l'installer en module sur l'IFB.
Lien github : GitHub - avierstr/amplicon_sorter: Sorts amplicons from Nanopore sequencing data based on similarity
Cordialement
Bonjour,
Je souhaiterai tester l'outil github Amplicon_sorter.
Serait-il possible de l'installer en module sur l'IFB.
Lien github : GitHub - avierstr/amplicon_sorter: Sorts amplicons from Nanopore sequencing data based on similarity
Cordialement
Bonjour @amoreau, d'après ce que je vois pas besoin d'un module dédié, vous devriez pouvoir l'installer vous même:
srun --pty--mem=1G bash; module load python/3.9; python3 -m venv ./amplicon_sorter_venv; source ./amplicon_sorter_virtualenv/bin/activate
pip install edlib biopython
git clone https://github.com/avierstr/amplicon_sorter.git; cd amplicon_sorter
amplicon_sorter.py
:(amplicon_sorter) (base) alebars@cpu-node-45:~/amplicon_sorter/amplicon_sorter$ python3 amplicon_sorter.py
usage: amplicon_sorter.py [-h] -i INPUT [-min MINLENGTH] [-max MAXLENGTH] [-maxr MAXREADS] [-ar] [-np NPROCESSES] [-sg SIMILAR_GENES] [-ssg SIMILAR_SPECIES_GROUPS] [-ss SIMILAR_SPECIES]
[-sc SIMILAR_CONSENSUS] [-ldc LENGTH_DIFF_CONSENSUS] [-sfq] [-ra] [-a] [-aln] [-amb] [-o OUTPUTFOLDER] [-ho] [-mac]
amplicon_sorter.py: error: the following arguments are required: -i/--input
Super,
Je vais tester ça. Merci