Demande installation amplicon_sorter

IFB Core Cluster
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Bonjour,

Je souhaiterai tester l'outil github Amplicon_sorter.

Serait-il possible de l'installer en module sur l'IFB.

Lien github : GitHub - avierstr/amplicon_sorter: Sorts amplicons from Nanopore sequencing data based on similarity

Cordialement

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Bonjour @amoreau, d'après ce que je vois pas besoin d'un module dédié, vous devriez pouvoir l'installer vous même:

  1. création d'un virtualenv (a l'emplacement de votre choix): srun --pty--mem=1G bash; module load python/3.9; python3 -m venv ./amplicon_sorter_venv; source ./amplicon_sorter_virtualenv/bin/activate
  2. installation des librairies python nécessaires: pip install edlib biopython
  3. cloner le repo git d'amplicon_sorter (a l'emplacement de votre choix): git clone https://github.com/avierstr/amplicon_sorter.git; cd amplicon_sorter
  4. lancer le script amplicon_sorter.py:
(amplicon_sorter) (base) alebars@cpu-node-45:~/amplicon_sorter/amplicon_sorter$ python3 amplicon_sorter.py
usage: amplicon_sorter.py [-h] -i INPUT [-min MINLENGTH] [-max MAXLENGTH] [-maxr MAXREADS] [-ar] [-np NPROCESSES] [-sg SIMILAR_GENES] [-ssg SIMILAR_SPECIES_GROUPS] [-ss SIMILAR_SPECIES]
                          [-sc SIMILAR_CONSENSUS] [-ldc LENGTH_DIFF_CONSENSUS] [-sfq] [-ra] [-a] [-aln] [-amb] [-o OUTPUTFOLDER] [-ho] [-mac]
amplicon_sorter.py: error: the following arguments are required: -i/--input
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Super,

Je vais tester ça. Merci