Bonjour,
Serait-il possible d'installer le logiciel oligo (GitHub - jbkerry/oligo: Pipelines for Capture-C oligo design) qui permet de designer des sondes pour une capture-HiC sur région entière. J'ai essayé de l'installer en local mais je n'y suis pas arrivée, j'ai eu des soucis de version de python que je ne suis pas arrivée à gérer et avec RepeatMasker de qui il dépend, qui ne fait pas d'erreur lui même mais renvoie dans son log:
"Species "human" is not known to RepeatMasker. There may
not be any TE families defined in the libraries for this
species/clade or there may be an error in the spelling.
Please check your entry against the NCBI Taxonomy database
and/or try using a broader clade or related species instead.
The full list of species/clades defined in the library may be
obtained using the famdb.py script."
Puis plante à l'étape suivante. Pour info je travaille sur la version hg38 du génome humain.
Je vous remercie par avance.
Bonne journée
Elodie