Demande installation GTDB-Tk

Bonjour,

Serait-il possible d'installer le toolkit GTDB-Tk ? Il permet l'annotation taxonomique des génomes bactériens et archéens :

https://ecogenomics.github.io/GTDBTk/installing/index.html

Je vous remercie !

En cours

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Bonjour,
Quelque chose semble avoir mal tourné avec le pipeline merge request - pourriez-vous y jeter un coup d'œil à nouveau ?
Merci beaucoup :pray:

Bonjour,

Merci d'avoir résolu le problème avec l'installation !

Serait-il possible d'installer la base de données de référence GTDB-Tk dans /shared/banks ? J'ai essayé de l'installer dans mon home, mais je n'ai pas assez de disk quota

GTDB-Tk reference data

GTDB-Tk requires ~66G of external data that needs to be downloaded and unarchived:

wget https://data.gtdb.ecogenomic.org/releases/latest/auxillary_files/gtdbtk_v2_data.tar.gz
wget https://data.ace.uq.edu.au/public/gtdb/data/releases/latest/auxillary_files/gtdbtk_v2_data.tar.gz (or, mirror)
tar xvzf gtdbtk_v2_data.tar.gz

export GTDBTK_DATA_PATH=/path/to/release/package/

Téléchargement en cours... /shared/bank/gtdbtk/v2
Faites-moi un rappel si vous n'avez pas de nouvelles

Hop:

$ ls /shared/bank/gtdbtk/release207_v2
fastani  markers  masks  metadata  mrca_red  msa  pplacer  radii  split  taxonomy  temp
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