Bonjour,
Serait-il possible d'installer le toolkit GTDB-Tk ? Il permet l'annotation taxonomique des génomes bactériens et archéens :
https://ecogenomics.github.io/GTDBTk/installing/index.html
Je vous remercie !
En cours
1 « J'aime »
Bonjour,
Quelque chose semble avoir mal tourné avec le pipeline merge request - pourriez-vous y jeter un coup d'œil à nouveau ?
Merci beaucoup 
Bonjour,
Merci d'avoir résolu le problème avec l'installation !
Serait-il possible d'installer la base de données de référence GTDB-Tk dans /shared/banks ? J'ai essayé de l'installer dans mon home, mais je n'ai pas assez de disk quota
GTDB-Tk reference data
GTDB-Tk requires ~66G of external data that needs to be downloaded and unarchived:
wget https://data.gtdb.ecogenomic.org/releases/latest/auxillary_files/gtdbtk_v2_data.tar.gz
wget https://data.ace.uq.edu.au/public/gtdb/data/releases/latest/auxillary_files/gtdbtk_v2_data.tar.gz (or, mirror)
tar xvzf gtdbtk_v2_data.tar.gz
export GTDBTK_DATA_PATH=/path/to/release/package/
Téléchargement en cours... /shared/bank/gtdbtk/v2
Faites-moi un rappel si vous n'avez pas de nouvelles
Hop:
$ ls /shared/bank/gtdbtk/release207_v2
fastani markers masks metadata mrca_red msa pplacer radii split taxonomy temp
1 « J'aime »
Bonjour, est il possible de télécharger la dernière mise à jour importante de la base de données gtdbtk (R214) Merci beaucoup d'avance
https://data.gtdb.ecogenomic.org/releases/release214/214.0/auxillary_files/gtdbtk_r214_data.tar.gz