Demande installation Guppy (v6.4.2) en mode GPU

IFB Core Cluster Demande de logiciel ou de banque de données
1

Bonjour,
Serait-il possible d'installer la toute dernière version de Guppy (v6.4.2) en mode GPU ?
Je ne suis pas parvenu à l'installer sur mon Home, alors que j'ai pu le faire pour la version CPU (voir ci- dessous).

https://cdn.oxfordnanoportal.com/software/analysis/ont-guppy_6.4.2_linux64.tar.gz

Merci d'avance.

v="6.4.2" ; cd /shared/ifbstor1/home/dfilloux/program ; wget "https://mirror.oxfordnanoportal.com/software/analysis/ont-guppy_"$v"_linux64.tar.gz" ; tar -xf "ont-guppy_"$v"linux64.tar.gz" ; rm "ont-guppy"$v"linux64.tar.gz" ; > "/shared/ifbstor1/home/dfilloux/program/ont-guppy/ont-guppy-gpu"$v".txt" ; /shared/ifbstor1/home/dfilloux/program/ont-guppy/bin/guppy_basecaller --help
--2023-01-24 10:30:47-- https://mirror.oxfordnanoportal.com/software/analysis/ont-guppy_6.4.2_linux64.tar.gz
Resolving mirror.oxfordnanoportal.com (mirror.oxfordnanoportal.com)... 178.79.175.200
Connecting to mirror.oxfordnanoportal.com (mirror.oxfordnanoportal.com)|178.79.175.200|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 301 Moved Permanently
Location: https://europe.oxfordnanoportal.com/software/analysis/ont-guppy_6.4.2_linux64.tar.gz [following]
--2023-01-24 10:30:47-- https://europe.oxfordnanoportal.com/software/analysis/ont-guppy_6.4.2_linux64.tar.gz
Resolving europe.oxfordnanoportal.com (europe.oxfordnanoportal.com)... 178.79.175.200
Connecting to europe.oxfordnanoportal.com (europe.oxfordnanoportal.com)|178.79.175.200|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 1669334522 (1.6G) [application/x-tar]
Saving to: ‘ont-guppy_6.4.2_linux64.tar.gz’

100%[==================================================================================================================>] 1,669,334,522 24.9MB/s in 65s

2023-01-24 10:31:53 (24.4 MB/s) - ‘ont-guppy_6.4.2_linux64.tar.gz’ saved [1669334522/1669334522]

/shared/ifbstor1/home/dfilloux/program/ont-guppy/bin/guppy_basecaller: error while loading shared libraries: libcuda.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory

2

Notez qu'une nouvelle version est disponible : Guppy 6.4.6 release

3

Bonjour,
J'ai aider Denis a faire l’installation dans le dépôt tools, mais je n'ai pas accès au runner tagger IFB.
Du coup ma merge request ne lance pas les jobs:

4

Bonjour @sravel,

Merci !

Avez-vous activé les "shared runners" sur votre dépôt/fork ?

If your merge request has been opened but is not being processed, you may need to enable shared runners on your forked repository: under "Settings" > "CI/CD" > "Runners" > "Shared runners", check "Enable shared runners"

5

oui, mais je ne vois pas de runner tagger 'ifb,docker'

image
image1920×986 201 KB

6

This job is stuck because of one of the following problems. There are no active runners online, no runners for the protected branch , or no runners that match all of the job's tags: docker ifb

Go to project CI settings
voila le message que j'ai

7

Je viens de vous inviter en tant que membre du projet. C'est bon de votre côté ?

8

Non la merge request reste en attente. il faudrai regarder les droits sur le runner tagger "docker,ifb" car c'est lui qui bloque.
Je peux tenter de créer la branche directement dans le dépôt aussi et non dans mon fork mais je ne sais pas si c'est la procédure. @julien nous avais appris avec le fork.

9

Hmmm... j'avoue que ça me dépasse un peu.

Pourrais-tu essayer en créant une branche directement dans le dépôt principale (https://gitlab.com/ifb-elixirfr/cluster/tools) ?

10

Ok en passant directement par le dépôt IFB sans fork, le workflow tourne

11

Bonjour @sravel

Merci beaucoup pour la contribution (add guppy 6.4.6-gpu (!1006) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / Cluster / tools · GitLab).

Du coup, Guppy est maintenant disponible en version 6.4.6. Comme d'habitude:

module load guppy/6.4.6-gpu

Bonne journée

12

Merci Sébastien ! :call_me_hand:

Je viens de tester et ça marche.

Bonne journée.