Bonjour,
Serait-il possible d'installer ipyrad pour une utilisation en API jupyter notebook.
Merci
Documentation : Welcome to ipyrad — ipyrad documentation
Bonjour,
ipyrad a été installé en module pour un usage en ligne de commande:
module load ipyrad/0.9.84
Pour une utilisation au sein de Jupyter, je vous propose de créer votre propre environnement en suivant la documentation suivante:
https://ifb-elixirfr.gitlab.io/cluster/doc/jupyter/#add-custom-environment-to-the-jupyterlab
Ce qui donne quelque chose comme:
module load conda
conda create -n ipykernel-3.7-ipyrad-0.9.84 -c conda-forge -c bioconda python=3.7 ipykernel ipyrad
~/.conda/envs/ipykernel-3.7-ipyrad-0.9.84/bin/python -m ipykernel install --user --name 'ipykernel-3.7-ipyrad-0.9.84' --display-name "My python (ipyrad)"
Il suffit ensuite de lancer Jupyter (ou le relancer) et de sélectionner le kernel créé.
Dites-nous si vous cela vous convient.
Bonjour,
Oui ça me va !
Merci
-Abdoulaye
Bonjour
est-il possible d'avoir l'installation de la dernière version d'ipyrad (0.9.93)?
merci!
Didier