Bonjour
dans le cadre d'un projet de recherche, je souhaiterais installer une collection d'utilitaires logiciels développés spécifiquement pour ce projet permettant de télécharger les données à traiter sur le cluster.
Cependant, je n'arrive pas à installer ou compiler une copie locale de ce package, car j'ai des problèmes de droits (et aussi de manque de maîtrise de l'installation des librairies manquantes sous python...)
Pourrais-je obtenir de l'aide de la part de l'équipe d'admins pour installer le package metasub_utils : https://github.com/MetaSUB/metasub_utils#installation ?
Merci
Guillaume
Bonjour Guillaume,
L'option --user est normalement la clef pour installer
J'ai donc tenter l'installation comme suit:
module load python/3.7
pip install metasub_utils --user
git clone https://github.com/MetaSUB/metasub_utils.git
cd metasub_utils
python setup.py install --user
# Erreurs
[...]
Could not install packages due to an EnvironmentError: [Errno 13] Permission denied: '/shared/mfs/data/software/miniconda/envs/python-3.7/lib/python3.7/site-packages/metasub_utils.athena-0.2.0-py3.7-nspkg.pth'
[...]
metasub-utils 0.7.0 has requirement metasub_utils.packet_parse==0.1.6, but you'll have metasub-utils-packet-parse 0.2.2 which is incompatible.
Ici on se rends compte que le "setup.py" fournit par MetaSUB ne prends pas en compte l'option '--user'.
De plus la version de la dépendance metasub_utils.packet_parse n'est pas bonne.
Je vous invite donc à contacter et à le signaler aux développeurs.
Pour info, j'ai pu finaliser l'installation en éditant le fichier setup.py, en forçant l'option '--user' pour la partie "install_microlibs" et en modifiant la version de la dépendance:
[...]
'metasub_utils.packet_parse==0.2.2': 'metasub_utils/packet_parse',
[...]
if develop:
check_call(["python", '-m', 'pip', 'install', '--user', '-e', '.'])
else:
check_call(["python", '-m', 'pip', 'install', '--user', '.'])
[...]
Metasub semble opérationnel (~/.local/bin/metasub) mais je vous déconseille fortement ce type de manipulation si comme moi vous n'en maîtrisez pas les conséquences.
Il faut contacter les développeurs.
A défaut de solution complète, j'espère vous avoir donné quelques billes.
Bonne journée
David
merci pour tes efforts.
Ai-je bien compris ?: je peux utiliser la version que tu as installée après modif de setup.py, mais il faut controller que le code produise ce qu'il est attendu de produire, c'est ça? A mes risques et périls.
Si oui comment appeler le programme? Je n'ai pas trouvé l'executable à l'adresse indiquée: ~/.local/bin/metasub
merci
G.
Pas tout à fait. La version qu j'ai installé n'était que pour tester.
L'installation (via setup.py) n'est pas correcte. Ce qui n'est pas de notre ressort.
Aussi il serait intéressant de le signaler aux développeur pour correction.
Si jamais vous souhaitez quand même installer et utiliser ce programme, il faut l'installer dans votre home directory en suivant la procédure:
module load python/3.7
pip install metasub_utils --user
git clone https://github.com/MetaSUB/metasub_utils.git
cd metasub_utils
# Editer le fichier setup.py (en y apportant les modifications indiqués ci-dessus)
# Lancer l'installation
python setup.py install --user
Mais je ne maîtrise pas les conséquences du changement de version (0.1.6 --> 0.2.2). C'est probablement sans conséquence mais je ne sais pas. C'est pourquoi je vous invite plutôt à contacter les personnes qui ont développé le logiciel (p'tetre via une issue https://github.com/MetaSUB/metasub_utils/issues ?).
J'espère que c'est plus clair. Dites-nous sinon.
Bon après-midi
Ca marche, merci
J'ai contacté le développeur,
W&S
Bon weekend
G.