Demande installation redoak (ou aide dans l'utilisation de mpi avec slurm ?)

IFB Core Cluster
1

Bonjour, mon projet depends d'un outil nommé redoak capable de créer des index de k-mers pour la pangénomique.
https://gitlab.info-ufr.univ-montp2.fr/DoccY/RedOak

Je l'utilise avec une image singularity "maison".
Problème: ce dernier est sensé fonctionner avec openmpi et j'ai des problème à concillier slurm, openmpi, et singularity. Je dois lancer un bazar comme ceci :
srun --mem 100G singularity exec mpirun redoak....

Je rentre dans un niveau de complexité (peut être auto-infligé) que je ne maitrise plus du tout et j'ai échoué à faire du multi-thread.

Je vous serais très reconnaissant si vous pouviez installer redoak sur le cluster pour pouvoir l'utiliser plus directement. Ou si quelqu'un vois clairement si je fais une erreur d’exécution je veux bien des pistes.

Cordialement.
Sébastien RIQUIER

2

Bonjour,

Une piste peut-être: il me semble que mpirun est capable de dialoguer avec slurm sans passer par la commander srun.

Est-ce que vous pouvez nous partagez votre image singularity? Elle nous aidera probablement à installer RedOak sur le cluster si c'est la seul solution qu'on trouve pour résoudre votre probleme.

3

Bonjour,
Je peux fournir la recette pour la construire, cependant celle ci est simplement un copier/collé de de la procédure d'installation de l'onglet "manuel" sur le lien que j'ai donné. Cette procédure contient plus d'info que le fichier que je peux envoyer donc elle sera plus utile pour l'installation.

Pour plus de FUN, le site gitlab est down temporairement, je vais surveiller quand il reviendra.

Cordialement.