Bonjour, mon projet depends d'un outil nommé redoak capable de créer des index de k-mers pour la pangénomique.
https://gitlab.info-ufr.univ-montp2.fr/DoccY/RedOak
Je l'utilise avec une image singularity "maison".
Problème: ce dernier est sensé fonctionner avec openmpi et j'ai des problème à concillier slurm, openmpi, et singularity. Je dois lancer un bazar comme ceci :
srun --mem 100G singularity exec mpirun redoak....
Je rentre dans un niveau de complexité (peut être auto-infligé) que je ne maitrise plus du tout et j'ai échoué à faire du multi-thread.
Je vous serais très reconnaissant si vous pouviez installer redoak sur le cluster pour pouvoir l'utiliser plus directement. Ou si quelqu'un vois clairement si je fais une erreur d’exécution je veux bien des pistes.
Cordialement.
Sébastien RIQUIER