Bonjour,
Serait-il possible d'installer l'outil ReLERNN (GitHub - kr-colab/ReLERNN: Recombination Landscape Estimation using Recurrent Neural Networks) qui nécessite un noeud GPU ?
J'aimerais également demander l'accès aux noeuds GPU (nom d'utilisateur: msalson et projet snp_calling_gatk_mil)
Merci beaucoup pour votre aide et bonne journée,
Marine
Bonjour Marine,
Vous avez maintenant accès au GPU pour vote projet.
N'oubliez pas de spécifier la partition (--partition=gpu), votre compte (--account=<votre-projet>) et pensez à vérifier le bon usage des ressources (https://ifb-elixirfr.gitlab.io/cluster/doc/troubleshooting/#slurm-how-to-use-resources-wisely
Pour utiliser l'outil ReLERNN, le plus simple me semble de charger le module python (qui vient avec tensorflow et tout un tas de librairies) et d'installer l'outil comme indiqué (https://github.com/kr-colab/ReLERNN#recommended-installation-on-linux). Quelque chose comme:
module load python/3.9
git clone https://github.com/kr-colab/ReLERNN.git
cd ReLERNN
pip install .
Dites-nous si c'est bon pour vous.
Bonjour,
Merci beaucoup pour le doit d'accès.
D'accord je vais essayer de faire comme ça pour l'outil.
Merci beaucoup encore et bonne journée,
Marine