Demande Links, HALC, circlator

IFB Core Cluster Demande de logiciel ou de banque de données
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bonjour à tous et à @team.software,

je me permets de revenir vers vous car suite à l'utilisation de berroka (encore merci pour l'instal), nous n'avons pas réussi à circulariser nos génomes. Nous travaillons sur des organismes non modèles assez retords, et j'aimerai savoir s'il serait possible de vous demander une dernière installation d'outils afin de reprendre les dernières étapes de notre assemblage (scaffolding et circularisation) et permettre à Aurélie qui est en master 2 de poursuivre son exploration d'outils et d'avoir la bonne méthodologie adaptée !
on aurait besoin de Links GitHub - bcgsc/LINKS: ⛓Long Interval Nucleotide K-mer Scaffolder
on aurait besoin de https GitHub - lanl001/halc: High Throughput Algorithm for Long Read Error Correction
et de circlator GitHub - sanger-pathogens/circlator: A tool to circularize genome assemblies

Après nous devrions vous laissez tranquille pour un moment ... :slight_smile:

Très bonne soirée et bon week-end

Chloé

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Bonjour,

Je reviens vers vous pour savoir si vous avez pu prendre connaissance de notre nouvelle (et j'espère dernière) demande d'installation. Si oui, avez-vous rencontré quelque problème que ce soit durant cette dite installation ? Que nous recherchions un logiciel remplaçant au plus vite (j'avoue être un peu pressée par le temps).

Avec mes sincères salutations,
Aurélie

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Bonjour c'est en cours pour links et circlator

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Bonjour François,

Merci beaucoup pour l'installation de circlator et links ! J'ai hâte de pouvoir les tester sur nos jeux de données :smiley:
Par curiosité, savez-vous où est-ce qu'en ait le logiciel HALC ?

Merci encore,
Aurélie

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Bonjour,

Pour HALC, comme il n y a pas de package conda,
peut-etre que vous pouvez essayer de l'installer dans votre espace projet en suivant les instructions de leur github.

Sinon on pourra peut-être regarder coté équipe cluster, mais je ne peux pas nous engager sur une date pour l'instant.

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Bonjour,

Je viens d'essayer de faire tourner HALC sur mon portable.

Voici la liste de problèmes que j'ai rencontré :

  • j'ai du passer runHALC.py dans dos2unix pour qu'il s’exécute sans erreur
  • runHALC.py tourne uniquement python 2
  • les dépendances ( BLASR et LoRDEC s’installent sans peine via conda)
  • j'ai essaye d’exécuter lordec directement, plantage quand il essaye de charger le génome.

En espérant que mon échec puisse vous servir.

cordialement,
Vladimir