Demande téléchargement RefSeq genomic

IFB Core Cluster Demande de logiciel ou de banque de données
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Bonjour,
Serait-il possible de télécharger sous /shared/banks une copie de RefSeq genomic ?
Les fichiers sont ici : ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/
J'ai déjà téléchargé la plus grande partie dans le dossier projet /shared/projects/form_2022_04/refseq/, mais même compressé je dépasse mon quota de 400Go... Voici ce que j'ai déjà rapatrié:

wget "ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/archaea/*.genomic.fna.gz"
wget "ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/viral/*.genomic.fna.gz"
wget "ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/fungi/*.genomic.fna.gz"
wget "ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/protozoa/*.genomic.fna.gz"
wget "ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/bacteria/*.genomic.fna.gz"
wget "ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/vertebrate_mammalian/*.genomic.fna.gz"

Merci d'avance !
Amicalement,
Pascal

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Bonjour,

RefSeq est déjà disponible ici : /shared/bank/refseq
Hélas, elle n'est pas des plus fraîches. Je peux la mettre à jour sur demande.

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En fait il m'avait semblé que les versions refseq_98 & refseq_202 déjà présentes étaient seulement les séquences protéiques ?
Mais je vois que l'ensemble de RefSeq_213 en mode genomic a été téléchargé hier, donc c'est parfait, merci beaucoup !

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Bonjour,
Ca devrait être bon : /shared/bank/refseq/refseq_213
Pour le moment, je n'ai pas indexé les banques.

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