Déploiement shiny app

Bonjour,

J'ai écrit une Shiny app minimaliste pour agréger des résultats d'analyse d'enrichissement GREAT :
https://guillaumecharbonnier.shinyapps.io/greatr/

J'aimerais pousser le concept en faisant une app prenant des beds de l'utilisateur et proposant le même rendu.
Je me heurte aux limites du compte gratuit de shinyapps.io et je me demande si et comment je pourrais héberger cette app sur un des services de l'IFB pour qu'elle soit accessible depuis Internet.

Merci d'avance,
Guillaume

1 J'aime

Bonjour Guillaume,

Je ne suis pas sur que la catégorie "Support scientifique" soit le bon endroit pour votre question, parce que à ce que je comprends votre problématique est plutôt de l'ordre de la technique informatique.

En ce qui concerne le core cluster de l'ifb, nous somme actuellement en train de travailler pour essayer d’intégrer une autre application R Shiny:

Pour l'instant les questions qui se posent sont:

  • L'interface serait accessible par qui ?

Car nous appliquons une "gestion" des utilisateurs sur le cluster, et chacun se connect normalement avec ses propres identifiants pour utiliser les logiciels installer (comme rstudio par exemple)

  • Comment est-ce que les données sont gérés ?

Sur le cluster, nous appliquons une "gestion" des données par projet, chaque utilisateur peux être dans un ou plusieurs projet, et n'a accès qu'aux données de ses projets. (En pratique c'est juste un répertoire différent par projet)


Je pense que ces questions qui se posent, sont assez général pour tout les projets R shiny, probablement donc le votre aussi.

A noter aussi que le cluster n'est pas la seul solution que propose l'IFB pour héberger des applications.

Merci François. Je vais répondre un peu naïvement car je n'ai pas encore exploré toutes les possibilités et limites des applications Shiny. Dans l'idée que je m'en fait actuellement, l'interface serait accessible par n'importe qui (sans compte IFB) disposant de l'URL et pourrait charger ses fichiers dans son instance pour produire ses figures. Les fichiers d'un utilisateur seraient supprimés quand son instance périme.
Il n'y aurait que moi comme utilisateur ayant accès au dossier de l'app sur le serveur, voire peut-être un autre bioinfo.

Bonjour @guillaumecharbonnier,

Est-ce que cette application shiny est gourmande en ressource de calcul ?
Combien dur un job/run/processus ? Sur combien de processeur ?

Bonjour Gildas,

Non l'application n'est pas gourmande cela prendrait environ 2/3 minutes par échantillon pour faire la table à visualiser. La durée croit linéairement avec le nombre d'échantillons et il y en a en général entre trois et une dizaine pour la plupart des usages en monothread. Il y aurait sûrement moyen de paralléliser et d'optimiser certaines portions mais je n'en vois pas trop l'utilité. Le processus génère un objet R qui prend 3.5 mo par échantillon une fois stocké en rds.

On pourrait aussi imaginer avoir une version publique qui fait uniquement la visualisation et n'accepte que le rds déjà généré par l'utilisateur de son côté en ligne de commande. L'usage en ressources serait alors quasi-nul.

Finalement j'ai configuré un serveur shiny sur un raspberry pi 4 chez moi et ça marche bien pour interagir avec mes biologistes.

Euh .... Tu as utilisé ton cadeau de thèse pour déployer ton app shiny ? Vraiment ?

1 J'aime