J'ai déjà essayé plusieurs solutions mais j'ai à chaque fois la même erreur :
[vdaric@cpu-node-27 DiscoSnp]$ run_discoSnp++.sh -r test/fof.txt -T
Running discoSnp++ 2.3.X, in directory /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/discosnp-2.4.3/bin with following parameters:
read_sets=test/fof.txt
prefix=discoRes_k_31_c_3
c=3
C=2147483647
k=31
b=0
d=1
D=100
s=
P=3
p=discoRes
G=
e=
starting date=jeu. janv. 27 16:23:28 CET 2022
############################################################
#################### GRAPH CREATION #######################
############################################################
/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/discosnp-2.4.3/bin/dbgh5 -in test/fof.txt_discoRes_k_31_c_3_D_100_P_3_b_0_removemeplease -out discoRes_k_31_c_3 -kmer-size 31 -abundance-min 3 -abundance-max 2147483647 -solidity-kind one -verbose 1 -skip-bcalm -skip-bglue -no-mphf
[DSK: Pass 1/1, Step 1: partitioning ] 0 % elapsed: 0 min 0 sec remaining: 0 min 0 sec cpu: -1.0 % mem: [ 44, 44, 44] MB /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/discosnp-2.4.3/bin/run_discoSnp++.sh : ligne 528 : 30825 Processus arrêté ${graphCmd}
there was a problem with graph construction $ reset
J'ai cette erreur quelque soit la version que je charge par module (module load discosnp/2.4.3 ou 2.3.0) ou si j'utilise celle que j'ai installé moi même dans un environnement conda. Je le lance sur les données test fournies par les auteurs dans le sous-repeoire test.
J'ai réussit à reproduire le problème qui est dû à l'usage de la mémoire.
Au délà de la mémoire demandée (par défaut 2Go/CPU, cf Slurm at IFB - IFB Core Cluster Documentation), si le programme demande plus de mémoire, il est tué (pour éviter de perturber les autres usages en allouant plus de ressources que celles demandées).
En demandant par exemple 10G (--mem 10G) ça tourne correctement.
Output
$ srun --mem 10G --pty bash
$ module load discosnp/2.4.3
$ run_discoSnp++.sh -r test/fof.txt -T
Running discoSnp++ 2.3.X, in directory /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/discosnp-2.4.3/bin with following parameters:
read_sets=test/fof.txt
prefix=discoRes_k_31_c_3
c=3
C=2147483647
k=31
b=0
d=1
D=100
s=
P=3
p=discoRes
G=
e=
starting date=Fri Jan 28 10:35:18 CET 2022
############################################################
#################### GRAPH CREATION #######################
############################################################
/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/discosnp-2.4.3/bin/dbgh5 -in test/fof.txt_discoRes_k_31_c_3_D_100_P_3_b_0_removemeplease -out discoRes_k_31_c_3 -kmer-size 31 -abundance-min 3 -abundance-max 2147483647 -solidity-kind one -verbose 1 -skip-bcalm -skip-bglue -no-mphf
[DSK: nb solid kmers found : 1057 ] 100 % elapsed: 0 min 3 sec remaining: 0 min 0 sec cpu: 89.1 % mem: [2349, 2352, 2352] MB
[Bloom: read solid kmers ] 99.3 % elapsed: 0 min 0 sec remaining: 0 min 0 sec cpu: 50.0 % mem: [2350, 2350, 2352] MB
[Debloom: build extension ] 100 % elapsed: 0 min 0 sec remaining: 0 min 0 sec cpu: 87.5 % mem: [2349, 2349, 2352] MB
[Debloom: finalization ] 100 % elapsed: 0 min 0 sec remaining: 0 min 0 sec cpu: 100.0 % mem: [2349, 2349, 2352] MB
[Debloom: cascading ] 100 % elapsed: 0 min 0 sec remaining: 0 min 0 sec cpu: 33.3 % mem: [2349, 2350, 2352] MB
[Graph: nb branching found : 8 ] 99.3 % elapsed: 0 min 0 sec remaining: 0 min 0 sec cpu: 66.7 % mem: [2350, 2350, 2352] MB
graph
gatb-core-library
version : 1.4.1
git_sha1 : notset
build_date : 2020-01-15/00:02:35
build_system : Linux-4.4.0-96-generic
build_compiler : /opt/conda/conda-bld/discosnp_1579046427941/_build_env/bin/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-cc (7.3.0)
build_kmer_size : 32 64 96 128
host
name : cpu-node-16.ifb.local
nb_cores : 56
memory : 251.6
disk_current_dir : 1762495.3
max_file_nb : 131072
pid : 43056
configuration
config
kmer_size : 31
mini_size : 10
solidity_kind : one
abundance_min : 3
abundance_max : 2147483647
available_space : 1804795238
estimated_sequence_number : 622
estimated_sequence_volume : 0
estimated_kmers_number : 43540
estimated_kmers_volume : 1
max_disk_space : 1804793238
max_memory : 5000
nb_passes : 1
nb_partitions : 56
nb_bits_per_kmer : 64
nb_cores : 56
minimizer_type : lexicographic (kmc2 heuristic)
repartition_type : unordered
nb_cores_per_partition : 1
nb_partitions_in_parallel : 56
nb_cached_items_per_core_per_part : 32768
nb_banks : 2
system
cpu : 0.0
repartition
system
cpu : 100.0
dsk
bank
bank_uri : test/fof.txt_discoRes_k_31_c_3_D_100_P_3_b_0_removemeplease
bank_size : 107604
bank_total_nt : 200000
sequences
seq_number : 2000
seq_size_min : 100
seq_size_max : 100
seq_size_mean : 100.0
seq_size_deviation : 0.0
kmers
kmers_nb_valid : 140000
kmers_nb_invalid : 0
stats
temp_files
nb_superkmers : 13324
avg_superk_length : 10.51
minimizer_density : 2.19
histogram
cutoff : 5
nb_ge_cutoff : 1057
ratio_weak_volume : 0.00
first_peak : 154
kmers
solidity_kind : one
thresholds : 3 3
kmers_nb_distinct : 1062
kmers_nb_solid : 1057
kmers_nb_weak : 5
kmers_percent_weak : 0.5
partitions
nb_partitions : 56
nb_items : 1057
part_biggest : 39
part_smallest : 6
part_mean : 18.9
kind
vector : 56
fillsolid_time : 0.095
1.read : 0.067
2.sort : 0.028
3.dump : 0.000
time : 2.875
fill_partitions : 2.645
fill_solid_kmers : 0.230
system
cpu : 85.3
bloom
stats
kind : neighbor
bitsize : 6378
nb_hash : 4
nbits_per_kmer : 6.034370
time : 0.022
build_from_kmers : 0.022
system
cpu : 33.3
debloom
stats
kind : cascading
impl : DebloomMinimizerAlgorithm
bitsize : 7662
nbits_per_kmer : 7.248817
cfp : 1284
bloom2 : 868
bloom3 : 362
bloom4 : 54
set : 0
nb : 144
time : 0.238
cascading : 0.034
fill_debloom_file : 0.168
finalize_debloom_file : 0.036
system
cpu : 90.6
branching
stats
nb_branching : 8
percentage : 0.8
checksum_branching : c26285a84228c6e7
time
build : 0.026
system
cpu : 66.7
Graph creation time in seconds: 4
rm -rf trashme_*
############################################################
#################### KISSNP2 MODULE #######################
############################################################
/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/discosnp-2.4.3/bin/kissnp2 -in discoRes_k_31_c_3.h5 -out discoRes_k_31_c_3_D_100_P_3_b_0 -b 0 -l -P 3 -D 100 -T -coverage_file discoRes_k_31_c_3_cov.h5 -max_ambigous_indel 20 -verbose 1
Input is h5 or _gatb/ (we assume that kmer counting has already been done), we will complete it into a graph if necessary.
[nodes ] 100 % elapsed: 0 min 0 sec remaining: 0 min 0 sec
config
kmer_size : 31
auth_branch : 0
max_indel_size : 100
max_polymorphism : 3
low : 1
rad : 0
traversal : contig
nodes
nb : 8
SNP bubbles
nb : 3
nb truncated (among all) : 0
nb_high : 3
nb_low : 0
extensions
none : 0
left : 0
right : 0
left|right : 3
Indel bubbles
nb : 0
nb_high : 0
nb_low : 0
extensions
none : 0
left : 0
right : 0
left|right : 0
time
find : 47
Bubble detection time in seconds: 0
#############################################################
#################### KISSREADS MODULE #######################
#############################################################
/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/discosnp-2.4.3/bin/kissreads2 -predictions discoRes_k_31_c_3_D_100_P_3_b_0.fa -reads test/fof.txt -co discoRes_k_31_c_3_D_100_P_3_b_0_coherent -unco discoRes_k_31_c_3_D_100_P_3_b_0_uncoherent -k 31 -size_seeds 26 -index_stride 6 -hamming 1 -genotype -coverage_file discoRes_k_31_c_3_cov.h5 -verbose 1
Indexing bank discoRes_k_31_c_3_D_100_P_3_b_0.fa
Mapping of 622 reads
[Mapping read set 0 ] 321 % elapsed: 0 min 0 sec remaining: 0 min 0 sec cpu: 100.0 % mem: [ 8, 8, 8] MB
[Mapping read set 1 ] 321 % elapsed: 0 min 0 sec remaining: 0 min 0 sec cpu: 100.0 % mem: [ 22, 22, 22] MB
Stats
Total Number of Mapped reads : 642
Minimal coverage per read set : 3 3
Outputs
Number of read coherent predictions : 3
Number of read uncoherent predictions : 0
Time : 0.177
indexing : 0.003
mapping reads : 0.174
print results : 0.000
###############################################################
#################### SORT AND FORMAT RESULTS #################
###############################################################
###############################################################
#################### CREATE VCF #######################
###############################################################
/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/discosnp-2.4.3/bin/../scripts/run_VCF_creator.sh -p discoRes_k_31_c_3_D_100_P_3_b_0_coherent.fa -o discoRes_k_31_c_3_D_100_P_3_b_0_coherent.vcf
##use disco SNPS : discoRes_k_31_c_3_D_100_P_3_b_0_coherent.fa
##output : discoRes_k_31_c_3_D_100_P_3_b_0_coherent.vcf
...Ghost mode...
...Creation of a vcf without alignment...
... Creation of the vcf file : done ...==> discoRes_k_31_c_3_D_100_P_3_b_0_coherent.vcf
Vcf creation time in seconds: 0
###############################################################
#################### DISCOSNP++ FINISHED ######################
###############################################################
DiscoSnp++ total time in seconds: 5
################################################################################################################
fasta of predicted variant is "discoRes_k_31_c_3_D_100_P_3_b_0_coherent.fa"
Ghost VCF file (1-based) is "discoRes_k_31_c_3_D_100_P_3_b_0_coherent.vcf"
Thanks for using discoSnp++ - http://colibread.inria.fr/discoSnp/ - Forum: http://www.biostars.org/t/discoSnp/
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