Disk quota exceed

IFB Core Cluster
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Bonsoir,

En essayant de générer un fichier HTML à partir de mon script Rmarkdown, je rencontre des erreurs de type "Write Error", ce qui empêche certains graphiques d'être générés correctement (ils sont coupés). Ensuite, j'obtiens le message suivant :

processing file: scRNAseq_Andrea_2024_DeepSeq.Rmd
|.......................... | 50% [unnamed-chunk-28] Write Error
|............................. | 57% [unnamed-chunk-32] Write Error
|............................................... | 93% [unnamed-chunk-54] Write Error

Error in writeLines(enc2utf8(text), con, ..., useBytes = TRUE) :
Error writing to connection: Disk quota exceeded
Calls: -> -> write_utf8 -> writeLines
Execution halted

Finalement, mon fichier HTML n'est pas généré. Je ne comprends pas l'origine de cette erreur, pourriez-vous m'aider à résoudre ce problème ?

Merci beaucoup pour votre aide !

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Bonsoir,

Votre home directory (/shared/home/auhart) est remplit (112.4 Go sur un quota max de 100Go):

Disk quotas for prj 165687 (pid 165687):
     Filesystem    used   quota   limit   grace   files   quota   limit   grace
/shared/home/auhart
                 112.4G*   100G    150G    none   56462  100000  150000       -

Votre home ne doit pas contenir de données "projet" (tel que DeepSequencing_scRNAseq_ADB).
Les données brutes, traités, scripts, etc. doivent être placé dans le dossier projet correspondant (tel que /shared/projects/scrnaseq_on_muscle_regenetation).

Il faut donc déplacer vos données dans ce dossier.

A noter que vous pouvez demander la création de plusieurs projets si besoin.

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D'accord, parfait, merci c'est résolu. Et comment puis-je lancer une session R avec une limite de temps allant à plus de 12 heures ?
Merci et bonne journée

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Ce n'est pas possible avec RStudio sur OnDemand. RStudio est dédié à un usage interactif.

Pour lancer des traitements, il faut soumettre un job sur le cluster directement via Slurm (cf. documentation https://ifb-elixirfr.gitlab.io/cluster/doc/).
On peut par exemple facilement lancer un script réalisé avec RStudio sur le cluster à l'aide de RScript: https://ifb-elixirfr.gitlab.io/cluster/doc/software/r/#migrate-from-rstudio-2-rrscript.