Bonjour,
En essayant d'installer un package sur Rstudio, je me retrouve avec l'erreur du disk quota exceeded. Effectivement lorsque je vérifie, je dépasse le quota de nombres de fichiers.
[kbouzid@core-login1 R]$ lfs quota -h -p 161036 /shared/home/kbouzid
Disk quotas for prj 161036 (pid 161036):
Filesystem used quota limit grace files quota limit grace
/shared/home/kbouzid
27.16G 100G 150G - 149998* 100000 150000 none
Toutefois, en regardant les autres sujets similaires, il était souvent conseillé de faire du ménage dans les environnement conda produits par R. Mais dans mon cas, le dossier R dans mon home ne contient "que" 5201 dossiers et 34061 fichiers. Même si je les déplaçais tous, je dépasserai quand même le quota de 100k fichiers. J'ai l'impression que ce sont surtout des fichiers en cache qui remplissent mon home. J'ai donc plusieurs questions :
- Est-ce que si je déplace l'environnement conda dans le projet sur lequel je travaille (/shared/projects/placentatlas), il sera toujours utilisable par mon Rstudio sur le serveur ?
- Est-ce qu'il est possible de supprimer les fichiers en cache sans danger ? Si oui, comment ?
- Finalement, pourriez-vous svp augmenter mon quota de fichiers dans mon home personnel ?
Merci d'avance,
Kheira
J'ai déplacé tout l'environnement Conda lié à R4.3 et je suis toujours en quota exceeded. J'ai déplacé environ 10k fichiers dans mon projet et j'ai encore la même chose pour le nombre de fichiers.
Bonjour Kheira
Nous déconseillons d'installer les paquets conda dans votre home qui est en effet limité à 100GB et est aussi limité en terme de nombre de fichiers.
Si vous souhaitez installer des paquets Conda il faut le faire dans votre projet.
Vérifiez également que les paquets dont vous avez besoin n'existent pas déjà sur le cluster.
Je vous donne la référence de notre documentation sur ce sujet:
https://ifb-elixirfr.gitlab.io/cluster/doc/software/module/
Merci Nicole
La commande exacte pour visualiser votre quota dans votre home directory est lfs quota -h -p 163421 /shared/home/kbouzid (voir: Voir mon quota sur le systeme de fichier / view my quota on the file system)
A l'heure actuelle, votre home directory n'est pas saturé. j'imagine donc que vous avez fait du ménage.
Disk quotas for prj 163421 (pid 163421):
Filesystem used quota limit grace files quota limit grace
/shared/home/kbouzid
5.335G 100G 150G - 70183 100000 150000 -
De même vos espaces projets ne sont pas saturé.
- Est-ce que si je déplace l'environnement conda dans le projet sur lequel je travaille (/shared/projects/placentatlas), il sera toujours utilisable par mon Rstudio sur le serveur ?
Il faut spécifier a conda qu'on a changer de chemin. Dans tous les cas, je conseillerais plutôt de réinstaller l'environnement avec l'option --prefix (Managing environments — conda 24.3.1.dev23 documentation)
- Est-ce qu'il est possible de supprimer les fichiers en cache sans danger ? Si oui, comment ?
Un cache est normalement temporaire donc peu de risque (mais cela dépends du logiciel).
- Finalement, pourriez-vous svp augmenter mon quota de fichiers dans mon home personnel ?
Nous n'augmentons pas le quota des home.
Dites-nous si quelque chose coince encore.
