Bonjour,
Je suis limité pour installer des packages. Hors j'en ai besoin. Je travaille sur du Visium avec beaucoup d'outils d'analyses.
Comment puis je faire ?
Ou comment puis je optimiser mon espace disponible ?
Merci pour votre aide !
Antoine
Quand vous parlez de packages, vous parlez d'outils standalone ou R ?
Nous pouvons installer les outils si besoin.
Sommes-nous aussi d'accord que vous travailler dans votre espace projet et non dans votre home ?
Bonjour,
En effet, votre home directory a atteins le quota maximum de fichiers (134 467 sur 100 000).
Pour visualiser: lfs quota -h -p 163647 /shared/home/acazelles
Filesystem used quota limit grace files quota limit grace
/shared/home/acazelles
5.893G 100G 150G - 134467* 100000 150000 none
Je vous invite donc à faire du ménage et ou à déplacer vos données dans vos espaces projets.
Nous n'augmentons pas l'esapce des /home mais pourrons augmenter les espaces projets si besoin.
Dans votre cas, Ce sont es dossiers ~/.local/share/r-miniconda (94k fichiers, envs et pkgs) et ~/R/x86_64-conda-linux-gnu-library (58k fichiers) qui ont de nombreux fichiers.
Il semble donc que ce soit dû aux environnements conda (qui créé de très nombreux fichiers).
Vous pouvez déplacer/utiliser ces dossiers conda dans vos espaces projets à la création (conda create --prefix <dir> ...) en jouant avec la configuration et les variables d'environnements:
https://conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/configuration/use-condarc.html#specify-environment-directories-envs-dirs
Bonjour,
Merci beaucoup pour votre réponse précise. Et je suis désolé de ma réponse plus que tardive. En revanche je ne me sens pas à l'aise pour faire cela. Savez-vous qui pourrait m'aider ?
Par ailleurs depuis hier j'ai de gros problèmes avec le serveur pour même ploter ou ouvrir mes scripts.
Est ce un problème général ou uniquement lié à mon compte ? Merci d'avance !
Bien cordialement,
Antoine
Re bonjour,
Je suis désolé mais je suis totalement bloqué. Je n'arrive plus à ouvrir mes scripts ni à plotter quoi que ce soit. Je suis vraiment embêté j'ai de grosses échéances qui arrivent pour la thèse.
Je vous remercie par avance pour votre aide.
Bien cordialement,
Antoine
Bonjour,
Désolé de ces réponses successives mais j'ai essayé de trouver une solution. J'ai copié tous mes fichiers packages dans mon projet vbcms/R/linux.../4.1
En revanche je ne suis pas sur d'avoir réussi à modifier mon dossier par défaut pour installer les packages ni pour les utiliser. J'ai essayé de préciser le lib.loc pour charger les library mais j'ai des messages d'erreurs.
J'ai également essayé de faire : .libPaths(new = "/shared/ifbstor1/projects/vbcms/R/x86_64-conda-linux-gnu-library/4.1", include.site = TRUE)
Cependant j'ai aussi des messages d'erreurs. J'ai du réinstaller des packages qui vont encore dans mon dossier HOME...
Bref mon utilisation de Rstudio n'est pas comme avant.
Comment puis je me mettre à jour ? Idealement j'aimerais tout mettre dans mon dossier projet vbcms (j'ai largement assez de place) et le définir comme ma lib par défaut.
J'ai essayé la documentation que vous m'avez envoyée. J'ai essayé mais je ne pense pas avoir réussi.
Désolé pour toutes ces questions.
J'espère que vous aurez du temps pour m'aider.
Bien à vous,
Antoine
Bonjour Antoine,
Si votre environnement R se comporte bizarrement, je pense que le mieux est de supprimer les packages R (rm -rf ~/R/) puis de réinstaller. C'est un peu fastidieux, mais cela vous permettra d'être sûr de toutes les dépendances de votre projet (et de les réinstaller au besoin).
Pour utiliser un autre répertoire que celui par défaut (~/R/), j'utiliserais simplement la variable R_LIBS (à ajouter dans le fichier ~/.bashrc) comme suit:
# Create the directory
mkdir /shared/projects/<project>/R-packages
# Define R_LIBS
# and add it to your ~/.bashrc file (think to reopen your session just after)
export R_LIBS=/shared/projects/<project>/R-packages
Exemple (test):
$ module load r/4.3.1
$ R
> install.packages("ggplot2")
$ ls /shared/projects/<project>/R-packages/
ggplot2
J'espère que ça vous aide.
Bonjour,
Merci pour votre réponse ! Ok je vais tout supprimer.
Je ne suis pas sur de comprendre la phrase : (à ajouter dans le fichier ~/.bashrc )
Enfin, dois je faire ces commandes dans la console Rstudio ou dans mon terminal ?
Désolé encore de ces questions qui sont surement évidentes pour vous.
Merci beaucoup.
Antoine
Le fichier ~/.bashrc est exécuté à chaque ouverture de session.
Ainsi, au lieu de taper dans le terminal, à chaque fois export R_LIBS=/shared/projects/<project>/R-packages, on peut ajouter cette ligne dans ce fichier.
La variable R_LIBS sera ainsi créé automatiquement à chaque ouverture de session.
Par contre cette solution ne semble pas fonctionnel avec RStudio.
Pour Rstudio, je vous invite à créer un fichier ~/.Renviron pour y placer la variable R_LIBS.
Pour ça, vous pouvez simplement exécuter la commande suivante (en spécifiant le nom du projet) dans un terminal:
echo 'R_LIBS=/shared/projects/<projet>/R-packages' >> ~/.Renviron
Il suffit alors de redémarrer votre session R, et le nouveau chemin d'installation des packages devrait être pris en compte.
Note: vous pourriez aussi utiliser la variable R_LIBS_USER qui est tout aussi appropriée.
Bonjour,
C'est bon cela a fonctionné !
.libPaths()
[1] "/shared/ifbstor1/projects/vbcms/R-packages"
[2] "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/r-4.1.1/lib/R/library"
Je vais donc pouvoir tout réinstaller correctement. Merci beaucoup pour votre aide.
Très bonne journée.
Antoine