Ecriture wrapper Galaxy avec dépendance R package pas sur conda

Bonjour à tous,

Nous sommes en train de finir d'écrire un wrapper Galaxy pour des outils/fonctions R qui viennent complémenter une fonction d'intégration de données du package mixOmics.

Initialement, nos (relativement petites) fonctions R étaient publiées dans le Toolshed à côté du code du wrapper (bouh.... pas bien... :face_with_raised_eyebrow:). Maintenant, nous voulons valoriser ces développements et nous avons commencé à faire un package R avec ces fonctions.

Nous avons donc actuellement un repository pour les wrappers Galaxy, et un repo pour le nouveau package R. Par contre, pour l'instant nous ne voulons pas rentrer dans les complications liées à la publication de ce package sur le CRAN puis sur Conda.

Ma demande concerne donc la gestion des dépendances d'un wrapper Galaxy, pour un package R qui n'est pas dispo sur Conda. J'ai du mal à trouver des infos claires sur ça.
En premier lieu, il faudrait que le wrapper puisse fonctionner avec une install manuelle du package sur le systeme, mais sans venir pourrir l'environnement de base.

Comment est-ce que je peux préparer proprement un environnement dédié sur le système (avec conda ou .venv) avec un R de base, des packages sur conda (mixOmics), et notre package "à la main" dispo sous la forme d'un *.tar.gz ? Et puis comment faire comprendre à Galaxy que c'est cet environnement qu'il doit utiliser pour ces wrappers ?

Si vous avez d'autres idées, propositions, je suis preneur :slight_smile:

Merci d'avance,
Pierre

Oups, désolé, je n'avais pas vu ce message.

Bioconda accepte de packager des library R depuis un repo github.
Donc, je serais vous, je mettrais le repo R en mode library avec tout ce qu'il faut : DESCRIPTION... et je construirais un package Conda

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@gildaslecorguille T'aurais un exemple de repo avec une librarie R bien organisée pour bioconda ?
Entre temps j'ai fait des trucs dégueulasse, comme installer le package depuis le repo à chaque lancement des outils... :face_vomiting:
Pour l'instant on va déjà mettre le package sur la Forge R, et on va voir si on décide de le passer sur le CRAN ou Bioconductor.
Sinon je suivrai ta proposition et je soumettrai directement à bioconda ^^

Voici des exemples de package R installé depuis des repo github : https://gitlab.com/ifb-elixirfr/cluster/r-packages/-/blob/master/vars/r-3.6.3.yml#L120-124

Je pense qu'il doit y avoir des guidelines quelque part plus ou moins officiels comme :