Bonjour à tous,
Nous sommes en train de finir d'écrire un wrapper Galaxy pour des outils/fonctions R qui viennent complémenter une fonction d'intégration de données du package mixOmics.
Initialement, nos (relativement petites) fonctions R étaient publiées dans le Toolshed à côté du code du wrapper (bouh.... pas bien... ). Maintenant, nous voulons valoriser ces développements et nous avons commencé à faire un package R avec ces fonctions.
Nous avons donc actuellement un repository pour les wrappers Galaxy, et un repo pour le nouveau package R. Par contre, pour l'instant nous ne voulons pas rentrer dans les complications liées à la publication de ce package sur le CRAN puis sur Conda.
Ma demande concerne donc la gestion des dépendances d'un wrapper Galaxy, pour un package R qui n'est pas dispo sur Conda. J'ai du mal à trouver des infos claires sur ça.
En premier lieu, il faudrait que le wrapper puisse fonctionner avec une install manuelle du package sur le systeme, mais sans venir pourrir l'environnement de base.
Comment est-ce que je peux préparer proprement un environnement dédié sur le système (avec conda ou .venv) avec un R de base, des packages sur conda (mixOmics), et notre package "à la main" dispo sous la forme d'un *.tar.gz ? Et puis comment faire comprendre à Galaxy que c'est cet environnement qu'il doit utiliser pour ces wrappers ?
Si vous avez d'autres idées, propositions, je suis preneur
Merci d'avance,
Pierre