Bonjour,
J'essaye de faire tourner EggNog-mapper sur le projet "rnasep".
Le job tourne mais en regardant les logs il semble tourner en boucle avec le message suivant :
Traceback (most recent call last):
File "", line 1, in
File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/eggnog-mapper-2.1.12/lib/python3.12/multiprocessing/init.py", line 16, in
from . import context
File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/eggnog-mapper-2.1.12/lib/python3.12/multiprocessing/context.py", line 6, in
from . import reduction
File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/eggnog-mapper-2.1.12/lib/python3.12/multiprocessing/reduction.py", line 248, in
register(socket.socket, _reduce_socket)
^^^^^^^^^^^^^
AttributeError: module 'socket' has no attribute 'socket'
Savez-vous quel peut être ce problème et comment y remédier ?
Je n'ai aucune idée de ce que cela peut vouloir dire. Il me semble que ça renvoie à une erreur qui ne dépend pas directement des paramètres que j'ai pu spécifier dans mon script. Au cas où, voici quand même ma ligne de code :
mapper.py -i ${QUERY} -m diamond --evalue 0.001 --tax_scope auto --target_orthologs all --go_evidence all --pfam_realign none --decorate_gff ${GFF} --output_dir ${OUTDIR} -o rnasep2_Trinity95. --excel --cpu 20
Je vous remercie !
Thomas.