Bonjour,
Je rencontres (ainsi que deux autres collègues) une erreur avec l'outil STAR (alignement RNAseq). Cette erreur n'apparait pas à chaque fois, mais uniquement pour certains échantillons (qui proviennent de la même expérience RNAseq).
Voici l'erreur :
!!!!! WARNING: --genomeSAindexNbases 14 is too large for the genome size=395142899, which may cause seg-fault at the mapping step. Re-run genome generation with recommended --genomeSAindexNbases 13
EXITING because of fatal ERROR: could not open temporary bam file: ./_STARtmp//BAMsort//b34
SOLUTION: check that the disk is not full, increase the max number of open files with Linux command ulimit -n before running STAR
Jan 29 11:38:58 ...... FATAL ERROR, exiting
Je ne pense pas que ce soit une erreur de création de l'index du génome, puisque certains échantillons s'alignent avec succès sur celui-ci. Il doit s'agir soit d'un problème de nombre de fichiers temporaires ouverts, soit d'un problème de mémoire utilisée ? Y a-t-il des paramètres que vous pouvez modifier de votre côté pour que ces analyses fonctionnent ?
Merci d'avance et très bonne journée,
Amandine