Erreur avec le package R/qtl: les vecteurs longs (argument 5) ne sont pas supportés dans .C

IFB Core Cluster Support IFB Core Cluster
1

Bonjour,

J'ai fait tourner un script R sur le cluster utilisant la package R/qtl pour faire une carte génétique.

Le fichier analysé est le suivant:
--Read the following data:
132 individuals
4574 markers
1 phenotypes
--Cross type: haploid
Haploids

No. individuals:    132 

No. phenotypes:     1 
Percent phenotyped: 100 

No. chromosomes:    20 
    Autosomes:      1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 

Total markers:      4574 
No. markers:        724 679 501 390 359 328 324 297 297 246 192 48 39 35 35 
                    26 24 24 4 2 
Percent genotyped:  82.4 
Genotypes (%):      A:49.7  B:50.3

J'ai pu faire les calcules pour tous les automosmes sauf le 1 qui comprend le max de marqueurs avec 724.

J'ai l'erreur suivante:
Erreur dans ripple(cross, chr = 1, window = window, verbose = FALSE) :
les vecteurs longs (argument 5) ne sont pas supportés dans .C
Appels : orderMarkers -> orderMarkers.sub -> summary -> ripple
Exécution arrêtée

Ce n'est pas un problème de mémoire car j'ai mis 250 GB et seulement 64 ont été utilisés.
Est ce un problème d'environnement?
Merci,
Jean Carlier

2

Bonjour,

Le cluster n'a pas renvoyé de problème avec la mémoire (le dernier job failed a renvoyé 67Go utilisé sur les 250Go).

Je ne suis pas sûr d'être très pertinent mais au vu de l'erreur (Erreur dans ripple(cross, chr = 1, window = window, verbose = FALSE) : les vecteurs longs (argument 5) ne sont pas supportés dans .C) et le post suivant: R vector size limit: "long vectors (argument 5) are not supported in .C" - Stack Overflow, je pencherais plutôt sur un problème lors de l'appel de r/qtl, orderMakers ou ripple, voire un problème logiciel. Sinon, c'est au-délà de mes compétences...