Bonjour,
J'ai fait tourner un script R sur le cluster utilisant la package R/qtl pour faire une carte génétique.
Le fichier analysé est le suivant:
--Read the following data:
132 individuals
4574 markers
1 phenotypes
--Cross type: haploid
Haploids
No. individuals: 132
No. phenotypes: 1
Percent phenotyped: 100
No. chromosomes: 20
Autosomes: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Total markers: 4574
No. markers: 724 679 501 390 359 328 324 297 297 246 192 48 39 35 35
26 24 24 4 2
Percent genotyped: 82.4
Genotypes (%): A:49.7 B:50.3
J'ai pu faire les calcules pour tous les automosmes sauf le 1 qui comprend le max de marqueurs avec 724.
J'ai l'erreur suivante:
Erreur dans ripple(cross, chr = 1, window = window, verbose = FALSE) :
les vecteurs longs (argument 5) ne sont pas supportés dans .C
Appels : orderMarkers -> orderMarkers.sub -> summary -> ripple
Exécution arrêtée
Ce n'est pas un problème de mémoire car j'ai mis 250 GB et seulement 64 ont été utilisés.
Est ce un problème d'environnement?
Merci,
Jean Carlier