Erreur d’accès au fichier lors du traitement LC-MS

Workflow4Metabolomics
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Bonjour,

Je réalise actuellement un traitement de données LC-MS et, depuis quelques jours, un message d’erreur apparaît et m’empêche d’avancer :

      Error in retrieveRawfileInTheWorkingDir(singlefile, zipfile, args) : 
  Cannot access the sample: Ctlr_J91_3 located: /shared/ifbstor1/galaxy/datasets2/1/d/c/dataset_1dc58dfd-ba7f-45fb-bdcc-7ca15e793ef0.dat . Please, contact your administrator ... if you have one!
Execution halted

Je travaillais sur plusieurs historiques en parallèle et ce message apparaît désormais de façon récurrente, indépendamment de l’étape de processing. J’ai rechargé les données, mais l’erreur persiste.Par exemple, sur l’historique 1, elle survient après le deuxième GroupChromPeak, tandis que sur l’historique 2 elle apparaît dès FindChromPeak Merger.
L’échantillon Ctlr_J91_3 correspond dans les deux cas au premier fichier de la liste lors de l’étape MSnbase readMSData.

Auriez-vous une idée de l’origine du problème ou une piste pour le résoudre ?

Merci d’avance pour votre aide,

Bonne journée,
Robin

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Bonjour @robin_cahuzac

D’après l’historique que vous m’avez partagé l’erreur côté alignement venait du nombre minimum de sample par classe demandé à 3 alors que certaines classe de sampleMetadata n’avaient qu’un seul individu. Pour l’autre erreur je n’ai pas pu la reproduire.

Yann