Erreur dans RStudio du cluster

Bonjour,
Lorsque je tente d'exécuter du code R dans RStudio, j'obtiens l'erreur suivante :
Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) :
namespace ‘xfun’ 0.14 is being loaded, but >= 0.15 is required

J'ai quitté/reloadé, sign out/sign in, mais ça ne change rien. Il n'y avait pas ce problème hier. Avez-vous changé quelque chose ? Que me conseillez-vous ?

Merci et bonne journée,

Olivier

Bonjour, je rencontre le même problème (depuis hier soir)
Bonne journée
Kristelle

Bonjour, aujourd'hui j'ai voulu charger le package WGCNA (qui est déjà installé sur le Cluster)
mais j'obtiens le même message d'erreur que celui cité par Olivier :

Error: package or namespace load failed for ‘WGCNA’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):
namespace ‘xfun’ 0.14 is being loaded, but >= 0.15 is required

Savez-vous quel est le problème ?
Bonne journée
Kristelle

Complément d'info, l'erreur survient dès qu'on lance la première commande d'un knitr :

knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)

Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) : 
  namespace ‘xfun’ 0.14 is being loaded, but >= 0.15 is required

J'appelle les équipes @team-r et @team-cluster sur ce ticket car il y a une urgence, non seulement pour les participants du DUBii mais aussi pour la formation FAIR, qui commence aujourd'hui.

Merci pour votre aide,

Jacques

Bonjour a tous,

Les paquets R ont été mis à jour. Les erreurs rencontrées ont normalement disparus.

Merci beaucoup @Francois pour ce dépannage et intervention rapide.

J'ai refait un essai mais l'erreur persiste.


Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) : 
  namespace ‘xfun’ 0.14 is being loaded, but >= 0.15 is required

J'ai essayé de redémarrer la session R (Session -> Restart R) ou de l'arrêter (Session -> Terminate R) mais j'ai toujours la même erreur.

De même pour moi. Merci déjà pour la première tentative.

C'est pourtant bon de mon côté:

> knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
> packageVersion("xfun")
[1] ‘0.16’

Je me suis permis @jvanhelden de suspendre la session. C'est mieux ?

Peut-être essayer d'arrêter la session et de supprimer le dossier ~/.rstudio ?

Si ça ne fonctionne pas, j’arrêterai toutes les sessions et le serveur avant de le redémarrer.

idem @olisand

packageVersion("xfun")
[1] ‘0.14’

J'essaie en enlevant le .rstudio/.

Toujours la même erreur...

Bonjour,
je viens d'essayer de charger un package comme ces derniers jours : toujours le même problème en ce qui me concerne

library(knitr)
Error: package or namespace load failed for ‘knitr’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):
namespace ‘xfun’ 0.14 is being loaded, but >= 0.15 is required

Bon j'ai pris le parti de redémarrer le serveur pour que tout soit correctement rechargé.
Je vous fais signe dès que c'est revenu.

Désolé pour la gêne occasionnée.

Le serveur a bien redémarré. @olisand @Kris pouvez-vous me confirmer le bon fonctionnement ?

J'obtiens encore la même erreur. Vraiment étrange, c'est comme si on n'était pas sur le même cluster.

Moi de même :

Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) : 
  namespace ‘xfun’ 0.14 is being loaded, but >= 0.15 is required
Calls: :: ... namespaceImportFrom -> asNamespace -> loadNamespace
Execution halted

OK. Désolé je me suis un peu enflammé. La mise à jour des packages est en fait toujours en cours.
Merci encore @Francois pour avoir pointé le pb.

J'ai une version plus récente de xfun (il suffit de faire: install.packages("xfun")) qui m'a induit en erreur :expressionless:

On continue de voir pour déployer les mises à jours.

Est-ce qu'en attendant tu préconises que chacun installe temporairement la librairie xfun dans son compte, quitte à l'effacer quand le problème sera réglé au niveau du serveur ?

toujours la même erreur en ce qui me concerne

Le pipeline de mise à jour s'est terminé il y a quelque minutes. Pour moi, c'est bon.

Pouvez-vous nous confirmer que c'est ok de votre côté ? @Kris

Encore une fois, merci @Francois