Bonjour à tous,
J'utilise le pipeline FROGS depuis maintenant quelques années pour traiter des données de séquençage 16S.
En voulant traiter de nouvelles données, je me retrouve bloqué après l'étape d'affiliation taxonomique: impossible de faire les stat d'affiliation, ou même de convertir le fichier biom en fichier tsv.
Voici l'erreur que m'affiche Galaxy quand je veux faire l'étape de stat d'affiliation:
Traceback (most recent call last):
File "/shared/ifbstor1/galaxy/mutable-data/dependencies/_conda/envs/__frogs@4.1.0/bin/affiliation_stats.py", line 404, in
biom = BiomIO.from_json( args.input_biom )
File "/shared/ifbstor1/galaxy/mutable-data/dependencies/_conda/envs/__frogs@4.1.0/lib/frogsBiom.py", line 1160, in from_json
python_dict = json.load( json_data )
File "/shared/ifbstor1/galaxy/mutable-data/dependencies/_conda/envs/__frogs@4.1.0/lib/python3.7/json/init.py", line 296, in load
parse_constant=parse_constant, object_pairs_hook=object_pairs_hook, **kw)
File "/shared/ifbstor1/galaxy/mutable-data/dependencies/_conda/envs/__frogs@4.1.0/lib/python3.7/json/init.py", line 348, in loads
return _default_decoder.decode(s)
File "/shared/ifbstor1/galaxy/mutable-data/dependencies/_conda/envs/__frogs@4.1.0/lib/python3.7/json/decoder.py", line 337, in decode
obj, end = self.raw_decode(s, idx=_w(s, 0).end())
File "/shared/ifbstor1/galaxy/mutable-data/dependencies/_conda/envs/__frogs@4.1.0/lib/python3.7/json/decoder.py", line 355, in raw_decode
raise JSONDecodeError("Expecting value", s, err.value) from None
json.decoder.JSONDecodeError: Expecting value: line 1 column 1 (char 0)
C'est la première fois que je me retrouve face a ce problème. Je ne connais pas python, mais si je comprends bien il semble que le fichier BIOM ne soit pas bien formaté ?
Je vous remercie pour votre aide,
Paul