Erreur d'exécution du pipeline nextflow methylseq

Scientific support Nextflow
1

Bonjour,
J'essaie de lancer le pipeline nextflow methylseq dédié à l'analyse de données de séquençage bisulfite via la série de commandes suivante.

srun -A seq_bisulfite_stress_repete --mem 6GB --cpus-per-task 10 --pty bash
module purge
module load nextflow/21.10.6 # le pipeline methyseq n'est pas compatible avec la version 22.04.0 
module load singularity
module load openjdk
nextflow run nf-core/methylseq -profile test,ifb_core

La commande parvient à charger une image singularity/docker avec succès. Cependant, une erreur survient lors de l'exécution de la première tâche :

Error executing process > 'makeBismarkIndex (1)'

Caused by:
  Failed to submit process to grid scheduler for execution

Command executed:

  sbatch .command.run

Command exit status:
  1

Command output:
  sbatch: error: Batch job submission failed: Invalid account or account/partition combination specified

Je suppose que l'erreur advient car la commande est lancée avec sbatch sans préciser le nom de projet. Par conséquent, sbatch ne parvient pas à débloquer les ressources nécessaires à l'exécution avec le compte démo.
Cette erreur ne se produit pas lorsque je lance le pipeline rnaseq avec la commande nextflow run nf-core/rnaseq -r 3.2 -profile test,ifb_core, je suppose donc que ce problème est spécifique au pipeline methylseq.
Y a-t-il une solution à ce problème ?

2

Bonjour,
est-ce que vous avez toujours ce problème? Je viens de tester avec vos lignes de commande et tout s'est bien passé (à l'exception de l'étape preseq, mais c'est une erreur que j'ai déjà eu avec le test et qui disparaît sur des vrais données).
Bien à vous,

Magali

3

Bonjour, merci pour votre réponse,
le problème est résolu. Il m'a suffit de changer mon compte par défaut par le projet en question via la commande sacctmgr ainsi qu'indiqué dans la documentation. Le script fonctionne avec le profil de test et des données réelles.