Erreur ensembl VEP

Bonjour,

J'aimerais utiliser un plugin de variant effect predictor (Conservation) mais ca ne marche pas, ca me met une erreur disant qu'il manque quelques chose :

Failed to compile plugin Conservation: Can't locate Bio/DB/BigFile.pm in @INC (you may need to install the Bio::DB::BigFile module) (@INC contains: /shared/software/miniconda3-admin/envs/ensembl-vep-103.1/share/ensembl-vep-103.1-0/ /shared/software/miniconda3-admin/envs/ensembl-vep-103.1/share/ensembl-vep-103.1-0/modules /shared/software/miniconda3-admin/envs/ensembl-vep-103.1/share/ensembl-vep-103.1-0 /shared/software/ensemblapi/src/bioperl-1.6.1 /shared/software/ensemblapi/src/ensembl/modules /shared/software/ensemblapi/src/ensembl-compara/modules /shared/software/ensemblapi/src/ensembl-variation/modules /shared/software/ensemblapi/src/ensembl-funcgen/modules /shared/software/miniconda3-admin/envs/ensembl-vep-103.1/lib/site_perl/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /shared/software/miniconda3-admin/envs/ensembl-vep-103.1/lib/site_perl/5.26.2 /shared/software/miniconda3-admin/envs/ensembl-vep-103.1/lib/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /shared/software/miniconda3-admin/envs/ensembl-vep-103.1/lib/5.26.2 .) at /shared/software/miniconda3-admin/envs/ensembl-vep-103.1/share/ensembl-vep-103.1-0/Bio/EnsEMBL/IO/BigFileParser.pm line 34.

Est ce que quelqu'un sait comment résoudre ce problème ?

Par ailleurs pour certain plugin il manque des fichiers, en soi c'est pas hyper génant car je peux réinstaller tous les plugins dans un dossier perso mais c'est un peu dommage d'avvoir un doublon juste parcequ'il manque quelques fichiers.

WARNING: Failed to instantiate plugin ExACpLI: ERROR: ExACpLI values file /shared/software/miniconda3-admin/envs/ensembl-vep-103.1/share/ensembl-vep-103.1-0//ExACpLI_values.txt not found

WARNING: Failed to instantiate plugin LoFtool: ERROR: LoFtool scores file /shared/software/miniconda3-admin/envs/ensembl-vep-103.1/share/ensembl-vep-103.1-0//LoFtool_scores.txt not found

Merci par avance,

Quentin

Bonjour Quentin,

Pouvez-vous simplement réessayer en chargeant au prélable le module Perl:

module load perl/5.26.2

La librairie Bio::DB::BigFile devrait alors être disponible.

Pour le reste (fichier manquants pour les plugins ou librairie manquante), nous nous appuyons beaucoup sur les paquets conda et particulièrement sur le dépôt bioconda. Si ça vous semble souhaitable, vous pouvez alors ouvrir une issue et demander d'intégrer ces fichiers dans le paquet conda: bioconda-recipes/recipes/ensembl-vep at master · bioconda/bioconda-recipes · GitHub

Bonjour,

merci beaucoup ca marche comme ca.

Quentin

Finalement je pense que je vais essayer de passer par singularity, normalement l'image docker devrait contenir tout ce qu'il faut, et en particulier certaines librairies optionnelles.

Quentin.