Erreur GATK_haplotyp caller

IFB Core Cluster Demande de logiciel ou de banque de données
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Bonjour,

J'ai cette erreur. Pourriez-vous m'aider à la régler ?

Merci

        Running gatk_HaplotypeCaller
        Input:
            - Bam : /shared/ifbstor1/projects/lasiodiplodia_manguiers_ci/raw_data_R/reference/output/1_mapping/BWA_MEM/mark-duplicates/BaBrSyA5_pica
rdTools-mark-duplicates.bam
            - Fasta : /shared/ifbstor1/projects/lasiodiplodia_manguiers_ci/GENOME_references/GENOME_LASOL-3/ncbi_dataset/data/GCA_008931885.1/GCA_00
8931885.1_ASM893188v1_genomic.fna
            - Chromosome : VCHE01000285.1
        Output:
            - gvcf : /shared/ifbstor1/projects/lasiodiplodia_manguiers_ci/raw_data_R/reference/output/2_snp_calling/GATK_HaplotypeCaller/BaBrSyA5-VC
HE01000285.1_GATK4.gvcf
        Others
            - Threads : 4
            - LOG error: /shared/ifbstor1/projects/lasiodiplodia_manguiers_ci/raw_data_R/reference/output/LOGS/gatk_HaplotypeCaller/BaBrSyA5_VCHE010
00285.1.e
            - LOG output: /shared/ifbstor1/projects/lasiodiplodia_manguiers_ci/raw_data_R/reference/output/LOGS/gatk_HaplotypeCaller/BaBrSyA5_VCHE01
000285.1.o

Reason: Missing output files: /shared/ifbstor1/projects/lasiodiplodia_manguiers_ci/raw_data_R/reference/output/2_snp_calling/GATK_HaplotypeCaller/Ba
BrSyA5-VCHE01000285.1_GATK4.gvcf
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ping @team.dnaseq :slight_smile:

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Bonjour Souleymane,

Je ne suis pas sûr de bien comprendre...
Le fichier output est bien généré: /shared/ifbstor1/projects/lasiodiplodia_manguiers_ci/raw_data_R/reference/output/2_snp_calling/GATK_HaplotypeCaller/BaBrSyA5-VCHE01000285.1_GATK4.gvcf
Et les fichiers d'output semble OK (/shared/ifbstor1/projects/lasiodiplodia_manguiers_ci/raw_data_R/reference/output/LOGS/gatk_HaplotypeCaller/BaBrSyA5_VCHE01000285.1.e), avec juste quelques warning.

Est-ce qu'il y a vraiment une erreur ?

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C'est reglé.

Merci

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