Bonjour,
Pour installer et utiliser infercnv dans le terminal, je dois installer la dépendance ‘rjags’. (JAGS: Just Another Gibbs Sampler - Browse Files at SourceForge.net).
Cependant, j'obtiens toujours la même erreur quand je lance le script depuis mon terminal :
Installing package(s) 'infercnv'
installation de la dépendance ‘rjags’
essai de l'URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/rjags_4-14.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 74101 bytes (72 KB)
==================================================
downloaded 72 KB
essai de l'URL 'https://bioconductor.org/packages/3.16/bioc/src/contrib/infercnv_1.14.2.tar.gz'
Content type 'application/x-tar' length 4130119 bytes (3.9 MB)
==================================================
downloaded 3.9 MB
** installing source package ‘rjags’ ...*
*** package ‘rjags’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées*
*** using staged installation*
checking for pkg-config... /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/r-4.2.3/bin/pkg-config
configure: Attempting legacy configuration of rjags
configure: WARNING: pkg-config file for jags 4 unavailable
configure: WARNING: Consider adding the directory containing jags.pc
configure: WARNING: to the PKG_CONFIG_PATH environment variable
checking for jags... no
configure: error: "automatic detection of JAGS failed. Please use pkg-config to locate the JAGS library. See the INSTALL file for details."
ERROR: configuration failed for package ‘rjags’
J'ai la même erreur quand j'ajoute l'installation du package 'rjags' dans mon script.
Auriez vous une solution ?
Merci beaucoup !!
Antoine