Erreur lancement MrBayes

IFB Core Cluster Tool or data bank request
1

Bonjour,
j'essaie d'utiliser MrBayes, voici mes commandes:

$ module load mrbayes/3.2.7
Loading mrbayes/3.2.7
  Loading requirement: singularity
$ mb
/shared/ifbstor1/software/singularity/wrappers/mrbayes/3.2.7/mb: line 2: 518005 Illegal instruction     singularity exec --nv /shared/ifbstor1/software/singularity/images/mrbayes-3.2.7.sif mb $@

Si j'essaie d’exécuter directement la commande singularity, voici l'erreur:

$ singularity exec --nv /shared/ifbstor1/software/singularity/images/mrbayes-3.2.7.sif mb
Illegal instruction

Le message "Illegal instruction" n'est pas assez explicite pour me permettre d'avoir une idée du problème. Pouvez-vous m'aider?
Merci.

2

Le problème semble être de notre côté.
On regarde ce qui coince (@team.software)

3

OK, merci de prendre ça en charge.
Savez-vous si la version installée de MrBayes est compilée avec la bibliothèque BEAGLE?
(Run MrBayes Along With Beagle-lib - OmicX)
Celle-ci optimise largement les calculs et permet d'utiliser des GPU via CUDA, ce qui me serait particulièrement utile.
Bien cordialement,
Vincent.

4

Normalement oui :

https://gitlab.com/ifb-elixirfr/cluster/tools/-/blob/master/tools/mrbayes/3.2.7/image.def?ref_type=heads

5

Bon, ça semble fonctionner sur ABiMS, c'est déjà un pas :

[lecorguille@slurm1 ~]$ module load mrbayes/3.2.7
Loading mrbayes/3.2.7
  Loading requirement: singularity


[lecorguille@slurm1 ~]$ srun --pty -p gpu --gres=gpu:l40s:1 mb
INFO:    underlay of /etc/localtime required more than 50 (108) bind mounts
INFO:    underlay of /usr/bin/nvidia-smi required more than 50 (656) bind mounts


                            MrBayes 3.2.7 x86_64

                      (Bayesian Analysis of Phylogeny)

              Distributed under the GNU General Public License


               Type "help" or "help <command>" for information
                     on the commands that are available.

                   Type "about" for authorship and general
                       information about the program.


MrBayes > showbeagle

   Available resources reported by beagle library:
	Resource 0:
	Name: CPU (x86_64)
	Flags: PROCESSOR_CPU PRECISION_DOUBLE PRECISION_SINGLE COMPUTATION_SYNCH
             EIGEN_REAL EIGEN_COMPLEX SCALING_MANUAL SCALING_AUTO
             SCALING_ALWAYS SCALING_DYNAMIC SCALERS_RAW SCALERS_LOG
             VECTOR_NONE VECTOR_SSE THREADING_NONE THREADING_CPP

	Resource 1:
	Name: NVIDIA L40S
	Desc: Global memory (MB): 45589 | Clock speed (Ghz): 2.52 | Number of cores: 18176
	Flags: PROCESSOR_GPU PRECISION_DOUBLE PRECISION_SINGLE COMPUTATION_ASYNCH
             COMPUTATION_SYNCH EIGEN_REAL EIGEN_COMPLEX SCALING_MANUAL
             SCALING_AUTO SCALING_ALWAYS SCALING_DYNAMIC SCALERS_RAW
             SCALERS_LOG VECTOR_NONE THREADING_NONE THREADING_CPP

   BEAGLE version: 4.0.0 (PRE-RELEASE)

Reste a le faire fonctionner sur l'IFB :+1:

6

@vlefort, tu peux retenter ?

7

Salut Gildas,
Merci pour ton retour.
Je viens de réussir à lancer un job MrBayes qui réclame 4 CPUs. Ca semble fonctionner.
Je vais essayer de le faire tourner sur GPU et je te tiens au courant...