Erreur lors de la création de la singularité de Gnina

Je ne peux pas créer le conteneur Gnina dans IFB. gnina-1.0.1 singularity image

singularity build gnina oras://ghcr.io/truatpasteurdotfr/singularity-gnina:latest
Build target already exists. Do you want to overwrite? [N/y] y
INFO:    Starting build...
FATAL:   While performing build: conveyor failed to get: failed to get SHA of oras://ghcr.io/truatpasteurdotfr/singularity-gnina:latest: no layer found corresponding to SIF image

Bonjour,

Je ne suis pas sûr de voir d'où vient le problème.
Pouvez-vous simplement essayer de "build" sur votre poste de travail, de transférer l'image (.sif) sur l'ifb et d'utiliser l'image ("run") ?

Je ne connais pas non plus le problème. Je n'ai jamais utilisé la singularité auparavant. Donc, au lieu de construire un conteneur, je charge le module gcc depuis IFB pour exécuter le gnina maintenant.

module load gcc/9.3.0

Gnina fonctionne bien lorsque gcc est chargé

Bonjour,

Ça marche pour moi (ce soir)... Peut-être avez-vous essayé pendant un rebuild du projet!

Cordialement

Tru

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Nan c'est que la version de singularity du cluster (3.5.3) est trop ancienne et incompatible avec oras://ghcr.io :frowning:

[thuynh@clust-slurm-client ~]$ uname -a
Linux clust-slurm-client.ifb.local 3.10.0-1160.6.1.el7.x86_64 #1 SMP Tue Nov 17 13:59:11 UTC 2020 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
[thuynh@clust-slurm-client ~]$ singularity version
3.5.3
[thuynh@clust-slurm-client ~]$  singularity build gnina oras://ghcr.io/truatpasteurdotfr/singularity-gnina:latest
INFO:    Starting build...
FATAL:   While performing build: conveyor failed to get: failed to get SHA of oras://ghcr.io/truatpasteurdotfr/singularity-gnina:latest: no layer found corresponding to SIF image
[tru@sillage tmp]$ singularity version
3.8.5-1.el7
[tru@sillage tmp]$ singularity build gnina oras://ghcr.io/truatpasteurdotfr/singularity-gnina:latest
INFO:    Starting build...
INFO:    Using cached SIF image
INFO:    Verifying bootstrap image /home/tru/.singularity/cache/oras/sha256:860286673e284d2cf09e470f99d9d788237c35291a7ceb9a9e13129ad6a62c0c
WARNING: integrity: signature not found for object group 1
WARNING: Bootstrap image could not be verified, but build will continue.
INFO:    Creating SIF file...
INFO:    Build complete: gnina
[tru@sillage tmp]$ ./gnina --version
gnina v1.0.1 master:aa41230   Built Mar 23 2021.

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