Bonjour,
je souhaiterais pull l'image Docker de l'outil DeepConsensus (GitHub - google/deepconsensus: DeepConsensus uses gap-aware sequence transformers to correct errors in Pacific Biosciences (PacBio) Circular Consensus Sequencing (CCS) data.) mais j'ai une erreur qui m'indique qu'il n'y a plus d'espace disponible dans un dossier.
L'erreur affichée:
singularity pull deepconsensus.sif docker://google/deepconsensus:1.2.0
INFO: Converting OCI blobs to SIF format
INFO: Starting build...
Getting image source signatures
Copying blob e36303c0f86c skipped: already exists
Copying blob 063417d01aef skipped: already exists
Copying blob 69a5d9e1ecd6 skipped: already exists
Copying blob 3f4ca61aafcd skipped: already exists
Copying blob 7b4354700ca4 skipped: already exists
Copying blob 74741a51b8d2 skipped: already exists
Copying config 73d4b5b678 done
Writing manifest to image destination
Storing signatures
2024/12/03 10:15:40 info unpack layer: sha256:3f4ca61aafcd4fc07267a105067db35c0f0ac630e1970f3cd0c7bf552780e985
2024/12/03 10:15:42 info unpack layer: sha256:69a5d9e1ecd6566da53d0978004bdf37dddfaba1d8a6117966f397b41cbbc529
2024/12/03 10:15:44 info unpack layer: sha256:7b4354700ca480732ead22a553cc45916dc5466709ca64d964c4647b5b9343e9
2024/12/03 10:15:47 info unpack layer: sha256:063417d01aef54c7b3d011f0271939fc608a1d1c54158c76d673a669a9ddd9d4
2024/12/03 10:16:09 info unpack layer: sha256:74741a51b8d20b7a82e89af9f83beb80128baab50a233045c202a6f88569e33e
2024/12/03 10:16:14 info unpack layer: sha256:e36303c0f86c04f54f2b6ac8598232c7321feb35a460e1bb4cf8d60c8b47fc87
FATAL: While making image from oci registry: error fetching image to cache: while building SIF from layers: packer failed to pack: while unpacking tmpfs: error unpacking rootfs: unpack layer: unpack entry: root/.cache/pip/http/e/0/b/a/0/e0ba0a2fbae08d6ebbe58b0b53c0c062e96528ac04259f66fe3ee700: unpack to regular file: short write: write /tmp/build-temp-2534014277/rootfs/root/.cache/pip/http/e/0/b/a/0/e0ba0a2fbae08d6ebbe58b0b53c0c062e96528ac04259f66fe3ee700: no space left on device
J'ai essayé de rediriger la sortie avec l'option --dir et en ne prenant pas en compte le cache (option --disable-cache) mais l'erreur est toujours présente. Comment puis je résoudre cette erreur svp?
Merci d'avance,
Cordialement,
Bonjour,
En effet, il faut utiliser votre espace projet pour stocker les données du projets (dont les images singularity).
Votre espace "/home" est saturé, ce qui doit poser problème.
Non sur l'espace occupé mais sur le nombre de fichier: 115568 fichiers (quota 100000).
Pour visualiser: lfs quota -h -p 164730 /shared/home/azouaoui
Disk quotas for prj 164730 (pid 164730):
Filesystem used quota limit grace files quota limit grace
/shared/home/azouaoui
54.58G 100G 150G - 115568* 100000 150000 6d47m54s
Il faut donc faire du ménage (suppression) ou déplacer ces données dans votre espace projet, notamment:
- scripts (juicer, capture*), 50k fichier
- .local/lib/python3.9, 36 fichiers
- .cache (pypoetry, pip), 25k fichiers
- ...
D'accord,
Merci,
Cordialement,
Bonjour,
j'ai fait du ménage dans le home mais le problème persiste.
lfs quota -h -p 164730 /shared/home/azouaoui Disk quotas for prj 164730 (pid 164730): Filesystem used quota limit grace files quota limit grace /shared/home/azouaoui 52.07G 100G 150G - 86926 100000 150000 -
La commande lancée est:
``
singularity pull --disable-cache --dir /shared/projects/eretmapodites_astre/analysis/deepconsensus/Docker_images/ deepconsensus.sif docker://google/deepconsensus:1.2.0
L'erreur affichée est:
``
INFO: Converting OCI blobs to SIF format
INFO: Starting build...
2024/12/10 11:15:21 info unpack layer: sha256:3f4ca61aafcd4fc07267a105067db35c0f0ac630e1970f3cd0c7bf552780e985
2024/12/10 11:15:25 info unpack layer: sha256:69a5d9e1ecd6566da53d0978004bdf37dddfaba1d8a6117966f397b41cbbc529
2024/12/10 11:15:31 info unpack layer: sha256:7b4354700ca480732ead22a553cc45916dc5466709ca64d964c4647b5b9343e9
2024/12/10 11:15:39 info unpack layer: sha256:063417d01aef54c7b3d011f0271939fc608a1d1c54158c76d673a669a9ddd9d4
2024/12/10 11:16:35 info unpack layer: sha256:74741a51b8d20b7a82e89af9f83beb80128baab50a233045c202a6f88569e33e
2024/12/10 11:16:48 info unpack layer: sha256:e36303c0f86c04f54f2b6ac8598232c7321feb35a460e1bb4cf8d60c8b47fc87
FATAL: While making image from oci registry: error fetching image to cache: while building SIF from layers: packer failed to pack: while unpacking tmpfs: error unpacking rootfs: unpack layer: unpack entry: opt/conda/envs/bio/lib/python3.9/site-packages/tensorflow/python/framework/ops.py: unpack to regular file: short write: write /tmp/build-temp-2191939764/rootfs/opt/conda/envs/bio/lib/python3.9/site-packages/tensorflow/python/framework/ops.py: no space left on device
``
Cela signifie qu'il n'y a pas suffisamment d'espace disponible dans le dossier /tmp/build-temp-2191939764/rootfs/opt/conda/envs/bio/lib/python3.9/site-packages/tensorflow/python/framework/ ?
Merci d'avance,
Cordialement,
Rebonjour,
résolu en lançant la commande:
srun singularity pull --disable-cache --dir /shared/projects/eretmapodites_astre/analysis/deepconsensus/Docker_images/ deepconsensus.sif docker://google/deepconsensus:1.2.0
Cordialement,
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C'est noté. Merci pour le partage de l'info.