Erreur non-zero exit code

Support scientifique et technique Snakemake
1

Bonjour,
J'ai essayé de faire tourner mon script, mais j'arrive sur les erreurs suivantes (exemple pour une règle, mais elles ont toutes la même erreurs) alors que lancer la commande hors script snakemake marche correctement.
Parfois ils marchent normalement avec snakemake, mais une fois sur deux.

rule index_genome:
    input:
        expand('{path_gen}/{gen}.fa', path_gen=config["path_genome"], gen=config["genome"])
    output:
        fai = expand('{path_gen}/{gen}.fa.fai', path_gen=config["path_genome"], gen=config["genome"]),
        bwt = expand('{path_gen}/{gen}.fa.bwt', path_gen=config["path_genome"], gen=config["genome"]),
        dict = expand('{path_gen}/{gen}.dict', path_gen=config["path_genome"], gen=config["genome"])
    conda:
        "env.yaml"
    message: """--- Reference genome indexing ---"""
    shell:
       """
           module load samtools/1.14
           samtools faidx {input}
           module load bwa/0.7.17
           bwa index {input}
           module load gatk4/4.2.3.0
           gatk CreateSequenceDictionary -R {input}
       """

Error in rule index_genome:
    jobid: 13
    output: ref/Felis_catus.Felis_catus_9.0.dna.toplevel.fa.fai, ref/Felis_catus.Felis_catus_9.0.dna.toplevel.fa.bwt, ref/Felis_catus.Felis_catus_9.0.dna.toplevel.dict
    conda-env: /shared/ifbstor1/projects/cat_cardiopathy/snaketest/.snakemake/conda/7c86301915782672f5b0c5fd6a0afcf4
    shell:
        
           module load samtools/1.14
           samtools faidx ref/Felis_catus.Felis_catus_9.0.dna.toplevel.fa
           module load bwa/0.7.17
           bwa index ref/Felis_catus.Felis_catus_9.0.dna.toplevel.fa
           module load gatk4/4.2.3.0
           gatk CreateSequenceDictionary -R ref/Felis_catus.Felis_catus_9.0.dna.toplevel.fa
       
        (one of the commands exited with non-zero exit code; note that snakemake uses bash strict mode!)

J'ai remarqué une autre erreur, une commande qui ne semble pas s'exécuter, sans indiquer d'erreur mais je ne vois pas son résultat comparer à d'autres commandes du même genre.

echo {params}.genome >> snpEff/snpeff.config

Idem, elle marche normalement hors snakemake.

Merci

2

De plus, j'ai une erreur avec drmaa

module load snakemake
module load slurm-drmaa
snakemake --drmaa --jobs=10 -c 10

WorkflowError:
Python support for DRMAA is not installed. Please install it, e.g. with easy_install3 --user drmaa
3

Si l'erreur est récente avec drmaa, il faudrait essayer en spécifiant la version de snakemake à utiliser. Quand j'ai fait la maj vers 7.7.0 je n 'ai pas pensé à mettre la dépendance drmaa dans le fichier env.yml.
@team.software C'est possible de résoudre le problème ?

4

Bonjour,

Ok, nous ajoutons drmaa sur le module snakemake 7.7.0.
Le déploiement est en cours : Add support for drmaa to snakemake 7.7.0 (!817) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / Cluster / tools · GitLab

Bien à vous,

Julien

5

Bonjour,
tu charges ton environnement conda, puis tu cherches à charger les modules de l'IFB. Je pense qu'il faut que tu choisisses l'une ou l'autre des méthodes de travail. Tu dois avoir un fichier de sortie de Slurm correspondant à ton job qui te donne l'erreur précise. C'est celui là qu'il faut regarder (et si besoin poster) pour comprendre ton problème.

Magali