J'ai besoin d'exécuter la fonction RunUMAP de Seurat avec l'option umap.method= "umap-learn" qui demande un package Python "umap-learn".
pbmc.big <- RunUMAP(pbmc.big, dims = 1:30, verbose = FALSE,umap.method="umap-learn",metric="correlation")
Rstudio (ou R 4.1.1 via SLURM) retourne l'erreur suivante:
Error in RunUMAP.default(object = data.use, reduction.model = reduction.model, :
Cannot find UMAP, please install through pip (e.g. pip install umap-learn).
J'ai donc essayé ceci pour installer "umap-learn"
library(reticulate)
conda_create("r-reticulate")
reticulate::py_install(envname="/shared/ifbstor1/projects/kidney_scrnaseq/Obradovic/r-reticulate_obra", packages ='umap-learn')
Ainsi le package semble bien installé dans un environnement python virtuel situé dans mon répertoire de projet:
environment location: /shared/ifbstor1/projects/kidney_scrnaseq/Obradovic/r-reticulate_obra
added / updated specs:
- umap-learn
use_condaenv("r-reticulate")
Malheureusement j'ai toujours le même message d'erreur quand je retente d'exécuter RunUMAP après tout ça.
Semble-t-il que je n'arrive pas à installer ce package "umap-learn" correctement? Ou bien il faudrait que j'indique à R un chemin d'accès spécifique après l'installation?
Merci d'avance pour votre aide