Bonjour,
J'essaie d'utiliser Nextflow en utilisant la doc configs/ifb_core.md at master · nf-core/configs · GitHub. Mais j'obtiens un message :
srun: Job 21846496 step creation temporarily disabled, retrying
Après un moment à tourner, puis ça continue à tourner.
Merci !
Bonjour @cploix
Tu peux donner plus de détails sur la commande utilisée?
srun --pty bash
module purge
module load nextflow/21.04.0.
nextflow run nf-core/rnaseq -r 3.2 -profile test,ifb_core
Même en faisant uniquement srun --pty bash j'ai le même problème
Je pense que c'est plus un soucis du au cluster qu'un venant de Nextflow/nf-core.
J'ai bien peur de pas pouvoir faire plus pour t'aider.
@team.workflow une idée?
J'ai tenté le tuto snakemake (Perform a quality check on raw sequencing data with Snakemake and Conda) pour voir si ça marchait mieux. A l'étape de téléchargement des données, j'ai la même réponse.
$ srun wget -P data https://gitlab.com/ifb-elixirfr/cluster/qc-with-snakemake-and-conda/raw/master/data/CRN-107_11-R1.fastq.gz
srun: Job 21868217 step creation temporarily disabled, retrying
Idem pour d'autres lancement srun.
Il est mieux que j'ouvre un topic au bon endroit, vu que c'est un problème de srun ?
Merci de votre réponse
J'attendrai donc que tout soit à nouveau accessible pour re-tester
