Erreurs execution scripts - module: command not found

IFB Core Cluster
1

Bonjour,

Depuis vendredi je n'arrive pas à exécuter des scripts qui fonctionnaient très bien jusque là.
Les commandes de base retournent des erreurs.

Par exemple set -euo pipefail
retourne :
"/var/spool/slurm/slurmd/job40766021/slurm_script: 11: set: Illegal option -o pipefail"

Et chaque 'module load X' renvoi :
"/var/spool/slurm/slurmd/job40766057/slurm_script: 19: module: not found"

En revanche quand j'essaie de charger des modules en interactif cela fonctionne.

Merci pour votre aide!

Bonne journée

2

Bonjour,
Pareil, avec :

module load python-pytorch-tensorflow/3.9-1.11.0-2.6.2

dans mobaxterm, ça marche, mais avec un fichier .sh j'ai l'erreur :

/var/spool/slurm/slurmd/job40795432/slurm_script: line 13: module: command not found

mais ça fonctionnait avant.

Merci

David

3

Bonjour,

Nous avons rencontré des problèmes de montage du stockage cluster sur certains nœuds de calcul en début de semaine. Nous pensons que cela explique les erreurs que vous avez rencontré, notamment sur le nœud 55.

Plus de problème sur set ou module load de notre côté.

4

Bonjour,

Je viens de tester et j'ai toujours la même erreur:
/var/spool/slurm/slurmd/job40810069/slurm_script: 18: set: Illegal option -o pipefail

5

Bonjour,

Utilisez-vous un shell particulier ?

6

Non, j'utilise JupyterLab

7

Pouvez-vous me donner le chemin d'un script sbatch pour lequel vous rencontrez cette erreur ?
Avec votre accord, je souhaiterais lire le script afin de pouvoir reproduire ce problème.

Par ailleurs, pouvez-vous m'indiquer un ou plusieurs id de jobs SLURM pour lesquels cette erreur s'est produite ?

8

Bonjour,

je viens de lancer le script:
shared/projects/minomics/pgrognet/KDM/ChIP_KDM/Chip_seq_Podo_KDM2.sh
job 40814438

la même erreur est survenue

Merci pour votre aide.

9

Bonjour,

Je vois que votre "Shebang" est :

#!/bin/sh

Qu'est-ce que ça donne si vous le changer pour :

#!/usr/bin/env bash

?

10

J'ai fait le changement et ça marche
Merci!

Bonne journée

11

Moi aussi ça marche maintenant, merci.

12

Double cool !