Bonjour,
J'utilise le package SPATA2 version 2.0.4 (avec la version Seurat 4.1.1) pour traiter des données Visium.
Tout marchait bien jusque là. Je lance pour chaque échantillon un pre_script en sbatch pour créer mon objet SPATA et faire un pré traitement des données.
(exemple script : sbatch -A vbcms --mem=200G --partition=fast --wrap "Rscript /shared/ifbstor1/projects/vbcms/Visium/Scripts_R_par_echantillon/Ech_295_B1/REFERENCE_spata_SCT/pre_script.R")
Depuis hier, j'obtiens l'erreur suivante et je ne trouve aucune solution ... :
Attachement du package : ‘SeuratObject’
L'objet suivant est masqué depuis ‘package:base’:
intersect
21:40:14 Starting initiation.
**Erreur dans give_feedback(msg = msg, verbose = verbose, fdb.fn = fdb.fn, : **
Appels : initiateSpataObject_10X -> -> give_feedback ->
Exécution arrêtée
Auriez vous une idée de l'origine du problème ? Je ne trouve aucune ressource en ligne.
Merci beaucoup pour votre aide +++
Antoine
Bonjour Antoine,
A priori, pas de changement de noter côté depuis vendredi (une mise à jour des paquet R mercredi, mais je ne pense pas que ce soit lié).
Je ne vois pas d'anomalie.
Pouvez-vous réessayer sur un jeu de données qui a fonctionné auparavant (pour voir si une anomalie est apparue ou si le problème vient d'ailleurs, par exemple des données d'entrées) ?
J'attire également votre attention sur les ressources utilisées. La mémoire semble sur-allouée.
Vous demandez 200Go de RAM, mais en utilisé moins de 10%, comme on peut le voir avec la commande seff <jobid>:
$ seff 37380495
[...]
Cores: 1
CPU Utilized: 16:25:47
CPU Efficiency: 99.63% of 16:29:29 core-walltime
Job Wall-clock time: 16:29:29
Memory Utilized: 18.12 GB
Memory Efficiency: 9.06% of 200.00 GB
Le CPU est en revanche utilisé à fond (p'têtre regarder, si c'est possible, pour pour augmenter le nombre de treads/cpu).
Dans tous les cas, je vous invite à toujours contrôller le bon usage des ressources (https://ifb-elixirfr.gitlab.io/cluster/doc/troubleshooting/#slurm-how-to-use-resources-wisely).
Bonjour,
Merci pour votre réponse rapide ! J'ai actuellement un script qui tourne en sbatch pour des alignements de données bulk 3'RNAseq.
Mais mon travaille avec SPATA2 n'est pas lié à ce script.
J'ai essayé sur des données déjà produites depuis plusieurs semaines. Et ca ne fonctionne pas.
Aucune fonction du package ne marche, par exemple :
plotSurface(
- object = spata395A1_SCT,
- color_by = "nCount_Spatial",
- pt_clrsp = "plasma",
- pt_size = 1.5,
- )
Error in give_feedback(msg = msg, verbose = verbose, fdb.fn = fdb.fn, :
J'ai essayé de le désinstaller etc ... Pas de solution !
Merci +++
Antoine
Avez-vous essayer de ré-initialiser complètement votre environnement R (en suprimmant les dossier afférents, comme /shared/projects/vbcms/R-packages, ~/R/x86_64-conda-linux-gnu-library) puis en réinstallant ?
Sinon, je pense qu'on va devoir attendre le retour des développeurs (Error in give_feedback(msg = msg, verbose = verbose, fdb.fn = fdb.fn, : · Issue #96 · theMILOlab/SPATA2 · GitHub).
Je pense que vous avez bien fait d'ouvrir une issue.
Ok je vais essayer !
Merci beaucoup +++
Très bonne journée.
Antoine