Bonjour,
J’utilise FROGS pour des données ITS de métabarcoding,
J’ai pu traiter un premier jeu de données, mais le second affiche une erreur : Unable to finish job.
J’ai demandé une augmentation d’espace de stockage qui m’a été accordé au début du mois car mes jeux de données étaient trop lourds donc j’ai pas l’impression que ce soit un problème de stockage car j’en ai beaucoup pour le coup.
Lorsque je lance le pré-process après chargement des données, l’outil indique une erreur : Unable to finish job → An error occurred while running the tool toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/frogs/frogs/FROGS_preprocess/4.1.0+galaxy3.
J’ai essayer de lancer mon workflow avec une toute petite partie du jeu de données et visiblement ça fonctionne …
Est-ce-que quelqu’un a une idée pour traiter le jeu de données dans son ensemble car j’aimerai ne pas avoir à le partitionner ?
Merci d’avance pour l’aide !
Pour plus d’informations, le rapport d’erreur envoyé est le suivant :
Error Localization
| Dataset | 13300888 (4ab2eadf5e74d5446653b4587a417400) |
|---|---|
| History | 1245998 (95c050ccac3393ac) |
| undefined | ---- |
| Failed Job | 44: FROGS_1 Pre-process: dereplicated.fasta (4ab2eadf5e74d544ac929c310c29f171) |
| undefined | ---- |
Detailed Job Information
Job environment and execution information is available at the job info page.
| Job ID | 7189278 (ed87f7a2291d75a9) |
|---|---|
| Tool ID | toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/frogs/frogs/FROGS_preprocess/4.1.0+galaxy3 |
| undefined | ---- |
| Tool Version | 4.1.0+galaxy3 |
| undefined | ---- |
| Job PID or DRM id | 63768054 |
| undefined | ---- |
| Job Tool Version | None |
| undefined | ---- |
Job Execution and Failure Information
Command Line
preprocess.py 'illumina' --output-dereplicated '/shared/ifbstor1/galaxy/datasets2/jobs/007/189/7189278/outputs/dataset_eae0211c-24a3-436a-9fed-f232793137d3.dat' --output-count '/shared/ifbstor1/galaxy/datasets2/jobs/007/189/7189278/outputs/dataset_a2458ea7-f11c-46e8-ac95-ae8ce3886586.dat' --summary '/shared/ifbstor1/galaxy/datasets2/jobs/007/189/7189278/outputs/dataset_ff5bad1d-06c9-4e7c-b7b3-d0a1bf62a59b.dat' --nb-cpus ${GALAXY_SLOTS:-1} --min-amplicon-size 50 --max-amplicon-size 600 --five-prim-primer 'CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA' --three-prim-primer 'GCATCGATGAAGAACGCAGC' --input-archive '/shared/ifbstor1/galaxy/datasets2/d/6/d/dataset_d6d9a225-a958-44ac-a360-78001171e7a8.dat' --R1-size 350 --R2-size 350 --mismatch-rate 0.1 --merge-software vsearch --keep-unmerged
stderr
stdout
Job Information
Unable to finish job
Job Traceback
Traceback (most recent call last):
File "/shared/ifbstor1/galaxy/server/lib/galaxy/jobs/runners/__init__.py", line 680, in _finish_or_resubmit_job
job_wrapper.finish(
File "/shared/ifbstor1/galaxy/server/lib/galaxy/jobs/__init__.py", line 2131, in finish
import_model_store = store.get_import_model_store_for_directory(
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/shared/ifbstor1/galaxy/server/lib/galaxy/model/store/__init__.py", line 1483, in get_import_model_store_for_directory
raise Exception(
Exception: Could not find import model store for directory [/shared/ifbstor1/galaxy/datasets2/jobs/007/189/7189278/metadata/outputs_populated] (full path [/shared/ifbstor1/galaxy/datasets2/jobs/007/189/7189278/metadata/outputs_populated])