Bonjour,
Je voulais utiliser un outil installé sur le cluster (motus 2.5.1) mais je n'arrive pas à le faire fonctionner ni avec 'module load' comme le montre le log ci dessous, ni en installation locale.
Serait-il possible, s'il-vous-plaît, de corriger ce problème voir éventuellement de mettre à jour l'outil ? GitHub - motu-tool/mOTUs: motus - a tool for marker gene-based OTU (mOTU) profiling
$ srun --pty /bin/bash -i
$ module load motus/2.5.1
$ motus --test
[E::main] Error loading file: /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/motus-2.5.1/share/motus-2.5.1/db_mOTU/db_mOTU_versions
[E::main] Try to download again the motus profiler
Je vous remercie d'avance,
Antonin Colajanni
Bonjour Antonin !
Je reproduit l'erreur avec motus/2.5.1 (et je ne vois pas ce qui cloche).
Par contre, je m’aperçois que motus/3.1.0 est disponible, installé et semble bien fonctionner:
$ module load motus/3.1.0
$ motus
Error: database has not been downloaded. Run 'motus downloadDB' before using the motus profiler
Est-ce qu'il te faut absolument la version 2.5.0 (en général il vaut mieux basculer sur une version plus récente) ?
Bonjour,
Je suis désolé, effectivement si la version 3.1 fonctionne, c'est pas la peine de réinstaller quoi que ce soit, j'ai laissé la complétion automatique me diriger vers motus/2.5.1, et je n'ai pas vu qu'il y avait une autre version déjà installée.
Merci pour la réponse et encore désolé.
Antonin
Pas de soucis ! Tant mieux si la 3.1 convient.
A bientôt
@dbenaben je suis sur le coup et il y a le même problème pour la version 3.1.0 malheureusement. Le script d'installation de la base fourni par l'outil ne permet pas de télécharger la base à un endroit précis. Elle va forcément se télécharger dans le dossier /lib/pythonXX/site-packages/motus-XXX/ de l'env conda qui est inaccessible par l'utilisateur, c'est assez pénible.
Apparemment les auteurs sont bien au courant et comptent ajouter l'option d'installer la base à un endroit précis dans une future version: Expose path to download database for `downloadDB` as a user input · Issue #109 · motu-tool/mOTUs · GitHub
@acolajanni je vais voir pour installer manuellement la base dans /shared/bank/motus/3.1.0/ comme solution temporaire. Le souci en faisant comme ca c'est qu'il faudra préciser le chemin vers la base avec l'argument -db à chaque utilisation de motus, mais c'est le mieux qu'on puisse faire pour le moment 
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@acolajanni vous devriez maintenant avoir accès à la DB motus en utilisant motus comme ceci:
motus profile -db /shared/bank/motus/3.1.0/db_mOTU
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