Bonjour,
J'aimerai faire un "calling peaks" à partir de Rstudio du cluster comme proposé dans le package ArchR (http ici bas).
Quelqu'un pourrait m'expliquer comment doit-on proceder pour ouvrir / savoir le path d'acces à MACS2 à partir de Rstudio ?
Merci d'avance pour l'aide
La page ArchR ou la procédure pour des experts est expliquée est : 10.2 Calling Peaks w/ Macs2 | ArchR: Robust and scaleable analysis of single-cell chromatin accessibility data.
Bonjour,
Le chemin vers macs2 sur le cluster est le suivant:
/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/macs2-2.2.7.1/bin/macs2
Pour le trouver, en ssh sur le cluster j'ai tapé les commandes suivantes:
module load macs2/2.2.7.1
whereis macs2
A noter qu'il vaux mieux utiliser le chemin suivant:
/shared/software/miniconda/envs/macs2-2.2.7.1/bin/macs2
C'est le même mais sans le ifbstore1 parce que cette partie du chemin est susceptible de changer à l'avenir (si par exemple on décidé de changer de stockage sur le cluster)