Formation 2424_m2_rennes Package R issue

Training
1

Bonjour @team.r

pour une formation 2424_m2_rennes je voudrais que les étudiants installent eux même le package ChemmineOB

avec la commande :

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("ChemmineOB")

Mais il semble que les dépendances ne s'installent pas et ils sont du coup bloqué.

Pouvez-vous installer ce package et le rendre disponible aux étudiants?

Merci
Yann

2

Bonjour @yguitton, l'installation de ChemmineOB est en cours :slight_smile:

1 « J'aime »
3

Petite update @yguitton, nous allons mettre a disposition une nouvelle version de R rien que pour ChemmineOB: R/4.3.3 car le package est finalement incompatible avec la version la plus récente d'installée sur le cluster (4.4.1).

Je vous mettrais au courant quand ca sera disponible (avec un peu de chance demain) :wink:

4

Bonjour @arthurlebars

Merci pour vos efforts, les dépendances de ChemmineOB à openbabel et au package ChemmineR sont ce qui me pose le plus de souci en local et j'imagine que ça n'est pas plus simple sur un serveur.