Formation DU Bii - RNA-seq - 11/03

Bonjour,
Dans le cadre de la formation du DU Bii RNA-seq du 11/03 j'aurai besoin d'avoir accès aux outils suivant ;

  • STAR
  • featureCounts
  • IGV
  • kallisto

Ainsi que les packages R suivant ;

  • from the CRAN : knitr, pheatmap, FactoMineR, factoextra, reshape2, ggplot2, RColorBrewer
  • From BioConductor : DESeq2, edgeR, limma, rtracklayer, GenomicFeatures, org.Hs.eg.db, clusterProfiler

Merci beaucoup
Cordialement

Bonjour Nicolas,

Concernant les outils:

  • STAR est déjà disponible via module (en version 2.6 et 2.7.2b): module load star
  • featureCounts est déjà disponible via module (en version 1.6.1): module load subread
  • IGV (https://igv.org/) est une application graphique (desktop)
    Nous n'avons pas encore les moyens d'utiliser ce type d'application (avec interface graphique ou pour la visualisation).
    Une application web existe. Est-ce que l'instance en ligne proposé les développeurs d'IGV pourrait convenir: https://igv.org/app/ ?
  • kallisto est déjà disponible via module (en version 0.44.0): module load kallisto

Concernant les packages R:

  • knitr: v1.21 (RStudio), v1.25 (module r/3.5.1 sur le Cluster)
  • pheatmap: v1.0.12 (RStudio), v1.0.12 (module r/3.5.1 sur le Cluster)
  • FactoMineR: v1.41 (RStudio), v1.42 (module r/3.5.1 sur le Cluster)
  • factoextra: v1.0.5 (RStudio)
  • reshape2: v1.4.3 (RStudio), v1.4.3 (module r/3.5.1 sur le Cluster)
  • ggplot2: v3.2.1 (RStudio), v3.2.1 (module r/3.5.1 sur le Cluster)
  • RColorBrewer: v1.1.2 (RStudio), v1.1.2 (module r/3.5.1 sur le Cluster)
  • DESeq2: v1.20.0 (RStudio), v1.22.1 (module r/3.5.1 sur le Cluster)
  • edgeR: v3.24.3 (RStudio), v3.26.0 (module r/3.5.1 sur le Cluster)
  • limma: v3.38.3 (RStudio), v3.40.0 (module r/3.5.1 sur le Cluster)
  • rtracklayer: v1.42.1 (RStudio)
  • GenomicFeatures: v1.34.3 (RStudio)
  • org.Hs.eg.db: v3.7.0 (RStudio)
  • clusterProfiler: v3.10.1 (RStudio)

Tous les packages sont installés sur RStudio mais il manque encore factoextra, rtracklayer, GenomicFeatures, org.Hs.eg.db et clusterProfiler sur la version R du cluster.
Nous sommes en train d'uniformiser R et les packages entre RStudio et le module R sur le cluster mais ce n'est pas encore opérationnel.
Est-ce qu'il faut installer ces packages sur le cluster ?

Bonne journée

Bonjour,

Merci beaucoup !
Concernant IGV, je vais regarder de plus prêt.

Pour ce cours, nous prévoyons deux parties ; la première en ligne de commande.
Donc j'imagine qu'une fois loggé en ssh, les étudiants pourrons charger les modules et lancer les outils.

Pour la partie R, l'utilisation du Rserver serait parfaite !
Merci
Nicolas

PS : désolé, je n'ai js utilisé l'infra IFB, donc je ne sais pas trop comment cela fonctionne

OK. N'hésitez pas à revenir vers nous si besoin (pour des installations ou des infos).