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Bonjour 
Je viens de relancer FROGS sur un autre jeu de données (5G reads au départ), j'ai de nouveau le message d'erreur
"This job was terminated because it used more memory than it was allocated" cette fois ci pour FROGS Clustering swarm est-ce qu'on peut monter la mémoire max allouée ? Si on veut faire un test de charge j'ai un autre jeu de données à 6.3G dont je n'aurais l'usage qu'à partir de cet été 
(Est-ce que je fais un nouveau sujet ?)
Bonne journée,
Annie
Cela devrait être bon (increase mem for FROGS Clustering swarm (!469) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / usegalaxy.fr / infrastructure · GitLab)
C'est bon, ça fonctionne
Bonjour,
J'ai de nouveau le soucis " job was terminated because it used more memory than it was allocated" pour FROGS Clustering swarm (sur un autre jeu de données)
Est-ce qu'il serait possible d'augmenter la mémoire allouée ?
Merci,
Annie
Bonjour Annie,
C'est en cours : increase mem for FROGS_clustering (!546) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / usegalaxy.fr / infrastructure · GitLab
Bonne journée,
Loraine
Bonjour,
ça fonctionne merci !
Ce coup ci c'est le FROGS OTU Filters qui crash en mémoire...
Bonne journée,
Annie
ok, c'est en cours également : Increase mem for FROGS_OTU_filters. Skip dev ci [skipdev] (!550) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / usegalaxy.fr / infrastructure · GitLab
Bonne journée à toi
Loraine
La modification de mémoire a été intégrée. Je te laisse tester.
Bonne journée,
Loraine
Bonjour Loraine,
Jusque là je n'ai pas réussi à faire fonctionner l'outil. J'ai toujours le même message d'erreur (This job was terminated because it used more memory than it was allocated)
A bientôt,
Annie
Bonjour Annie,
J'augmente à nouveau la mémoire : Increase mem for FROGS_OTU_filters (!553) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / usegalaxy.fr / infrastructure · GitLab
La modification de mémoire a été intégrée. Je te laisse tester à nouveau.
Bonne journée,
Loraine
Bonjour Loraine,
Cela ne fonctionne toujours pas 
Bonne journée,
Annie
mmm Je me demande si l'augmentation de mémoire a bien été prise compte.. J'ai ouvert une issue : Mem increase not effective ? (#91) · Issues · Institut Français de Bioinformatique / usegalaxy.fr / infrastructure · GitLab
Bon WE
Merci Loraine,
Annie
Bonjour @AnnieLebreton
Désolé du délai de réponse,
Pouvez vous me partager votre history avec moi ?
Bonne journée,
Thomas
Bonjour @AnnieLebreton et @lgueguen
L'augmentation de mémoire était bien présente dans les fichiers de configuration mais les handlers de galaxy ne les avaient pris en compte. Je les ai donc redémarrés.
Je viens de tester, le job a réussi.
Pouvez-vous confirmer que le problème est résolu?
Bonne journée,
Thomas
Bonjour,
Cela fonctionne, merci !
Annie
Bonjour, je rencontre ce jour le même souci avec les outils "phyloseq structure visualisation" "phyloseq alpha diversity" et "phyloseq composition visualisation". Est-ce possible d'augmenter les ressources ? Merci d'avance.
Bonjour @kgazengel,
C'est en cours : Increase mem for FROGSSTAT tools (!575) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / usegalaxy.fr / infrastructure · GitLab.
Pour une prochaine fois, il est préférable de ne pas reprendre un fil de discussion existant, mais d'ouvrir un nouveau sujet pour chaque nouvelle demande, afin d'augmenter sa visibilité 
Bonne journée,
Loraine
PS : @tchaussepied Pourras-tu vérifier stp que l'augmentation de ces ressources sera bien prise en compte et redémarrer les job handlers si ce n'est pas le cas ? Merci!
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