Bonjour,
Lorsque nous lançons l'outil phyloseq_beta_diversity de FROGS, bien que l'outil fonctionne et que le html sorte correctement, les fichiers .tsv ne sont pas sorties dans les outputs Galaxy (bien que les matrices soient correctement calculés lors du lancement de l'outil).
La particularité est que ces .tsv peuvent être 1 ou plusieurs, pour cela nous avons donc utilisé cette balise dans le code xml qui permet d'automatiquement identifier le nombre de sorties tsv :
Se peut-il que cette balise soit devenu obsolète depuis la dernière mise à jour Galaxy ( 23.1.5.dev ) ayant eu lieu sur votre serveur ?
Merci d'avance pour votre aide
Cordialement,
Vincent Darbot
La balise pour identifier les sorties est la suivante :
<discover_datasets pattern="designation" ext="tsv" directory="BetaMatrix" visible="true"/>
J'ai testé l'outil sur une instance galaxy en local de même version que celle sur l'IFB (23.1.5), et l'outil est lancé normalement, donc je pense pas que cela provienne d'un changement de version de Galaxy
Bonjour @tchaussepied,
Comme te l'a écrit Vincent il y a 2 semaines, l'outil FROGSSTAT Phyloseq Beta Diversity distance matrix (Galaxy Version 4.1.0+galaxy3) ne fonctionne plus depuis la nouvelle version de galaxy. Et comme tu le sais, je donne une formation FROGS à partir de lundi prochain. Cet outil arrivera dans la formation mercredi matin. Pourrais-tu voir de toute urgence comment on pourrait le faire fonctionner s'il te plait?
Je te remercie,
Géraldine.
Hello la @team.galaxy
Une petite relance sur ce sujet, nous avons des utilisateurs bloqués et nous ne comprenons pas le problème. L'outil fonctionne sur nos instances qui, il est vrai, ne sont pas sur les mêmes versions Galaxy. Mais @vindarbot a indiqué avoir testé l'outil sur la même version en local et tout fonctionne bien.
Est ce que l'un d'entre nous pourrait nous épauler pour débuguer ce comportement ?
Bonne journée
Maria